[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: درباره نشريه :: صفحه اصلي :: آخرين شماره :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
بخش‌های اصلی
صفحه اصلی::
اطلاعات نشریه::
آرشیو مجله و مقالات::
نمایه ها::
برای نویسندگان::
هزینه چاپ::
برای داوران::
ثبت نام و اشتراک::
تماس با ما::
تسهیلات پایگاه::
سیاست های نشریه ::
بیانیه اخلاقی::
ثبت شکایت::
::
Citation Indices from GS

Citation Indices from GS

AllSince 2019
Citations62733583
h-index2719
i10-index18478
..
جستجو در پایگاه

جستجوی پیشرفته
..
دریافت اطلاعات پایگاه
نشانی پست الکترونیک خود را برای دریافت اطلاعات و اخبار پایگاه، در کادر زیر وارد کنید.
..
ثبت شده در

AWT IMAGE

AWT IMAGE

..
:: دوره 28، شماره 6 - ( 11-1399 ) ::
جلد 28 شماره 6 صفحات 96-77 برگشت به فهرست نسخه ها
ارزیابی بیولوژیکی کروناویروس‌‌ها و مطالعۀ داکینگ مولکولی، لینالول و تیمول به‌ عنوان مهارکنندۀ پروتئین orf1ab و نقش ویروس SARS-CoV-2 در بیوتروریسم
بهمن فاضلی نسب*
گروه پژوهشی زراعت و اصلاح نباتات، پژوهشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران ، bfazelinasab@gmail.com
چکیده:   (2364 مشاهده)
مقدمه: کروناویروس‌‌ها جزء ویروس‌های پوشش‌‌دار با منشأ جانوری هستند که علاوه بر بیماری تنفسی و گوارشی، در بیماری‌های عصبی نیز دیده شده‌‌اند؛ همچنین برخی از گونه‌های آن‌‌ سبب نفریت گشته‌ و یا در بیماران مبتلا به ام‌اس و هپاتیت موش نیز دیده شده‌اند؛ اما در مجموع، مهم‌ترین تأثیر کروناویروس‌ها بر سیستم تنفسی و گوارشی است. هدف از تحقیق حاضر مقایسۀ ژنوم ویروس SARS-CoV-2 با سایر ویروس‌‌های خانوادۀ کروناویروس، بررسی احتمال ساختگی بودن آن و درنهایت، ارزیابی تأثیر لینالول و تیمول بر فعالیت نداشتن پروتئین orf1ab ویروس SARS-CoV-2 است.
مواد و روش‌‌ها: توالی ژنوم ویروس‌های خانوادۀ Coronaviridae از پایگاه NCBI تهیه و پس از هم‌ردیف شدن، تعداد جهش‌‌ها، تنوع نوکلئوتیدی، تعداد جایگاه‌هایی که در آن‌ها جایگزینی مشابه اتفاق افتاده، خوشه‌بندی، تعیین شباهت و فاصلۀ ژنتیکی و شاخص dN/dS ارزیابی شد. ساختار سه‌بعدی پروتئین orf1ab پیش‌‌بینی و دقت الگوی پیش‌بینی‌شده بررسی گردید. موتیف و دومین‌‌های حفاظت‌شده برای ژن orf1ab در همۀ ویروس‌‌های خانوادۀ Coronaviridae و همچنین دومین‌های غشایی، سیتوپلاسمی و کینازی در orf1ab ویروس SARS-CoV-2 بررسی شد. برای داکینگ مولکولی، از لینالول (مهم‌ترین مادۀ تشنه‌‌داری Scrophularia striata) گیاه مدل یعنی آرابیدوپسیس و تیمول (Thymol) (مهم‌ترین مادۀ زنیان) برای فعالیت نداشتن پروتئین orf1ab کروناویروس SARS-CoV-2 استفاده گردید.
یافته‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های پژوهش: ویروس SARS-CoV-2، 11 دومین حفاظت‌‌شده و از سویی، 11 ژن دارد. حضور دومین‌های NSP13 super family و SUD-M super family در ژنوم ویروس SARS-CoV-2، نشان‌دهندۀ توانایی و تلاش این ویروس برای پایداری بیشتر در محیط است. بر اساس مقدار عددی شاخص‌های dN/dS (036/1) و Tajima´s D (39/4) برای orf1ab، شیب تغییرات در طول تکامل برای ژن orf1ab بسیار کند و عدم انتخاب جهت‌دار در تغییرات ویروس‌‌ها است. بر اساس بیشترین اثر متقابل میان پروتئین لینالول و پروتئین orf1ab (0/41-) و بیشترین دقت (172/0) و بر اساس کمتـــرین سطــــح انــــرژی (Kcal/mol23/6-ΔG=) و بهترین ترکیب (Kcal/mol18/1340-Full Fitness=) میان مادۀ فیتوشیمیایی تیمول و پروتئین orf1ab، نتایج داکینگ مولکولی نشان داد که هم پروتئین لینالول و هم مادۀ تیمول بر پروتئین orf1ab پیوند گردیده و مانع فعالیت آن خواهند شد.
بحث و نتیجه‌گیری: لینالول و تیمول بر فعالیت نداشتن پروتئین orf1ab ویروس SARS-CoV-2 مؤثر بوده‌اند، هرچند برای اثبات این قضایا، باید تست بالینی خاصیت درمانی لینالول و تیمول انجام و در صورت تائید، استفاده از آن پیشنهاد شود. ضمناً با بررسی شاخص dN/dS، شاخص D و ارزیابی سینگلتن‌‌‌‌‌‌ها، دومین‌‌ها و مناطق حفاظت‌‌شدۀ همۀ ویروس‌‌ها مشخص شد که ویروس SARS-CoV-2 نمی‌تواند ساختگی باشد.
 
واژه‌های کلیدی: زنیان، تشنه‌‌داری، آویشن، کوویدـ19
متن کامل [PDF 1400 kb]   (917 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: بهداشت و محيط زيست
دریافت: 1399/1/20 | پذیرش: 1399/7/12 | انتشار: 1399/12/10
فهرست منابع
1. Li W, Shi Z, Yu M, Ren W, Smith C, Epstein JH, et al. Bats are natural reservoirs of SARS like coronaviruses. Science 2005; 310: 676-79. doi.10.1126/science.1118391
2. Lai MM, Cavanagh D. The molecular biology of coronaviruses. 1 th ed. Adv Virus Res Elsevier Publication. 1997; P.1-100.
3. Cavanagh D, Macnaughton M. Coronaviruses in principles and practice of clinical virology. 2 th ed. Wiley Chichester Publication.1995; P.325-36.
4. Talbot PJ, Paquette JS, Ciurli C, Antel JP, Ouellet F. Myelin basic protein and human coronavirus 229E cross reactive T cells in multiple sclerosis. Annal Neurol 1996; 3: 233-40. doi. 10.1002/ana.410390213
5. Tavakoli A, Vahdat K, Keshavarz M. Novel coronavirus disease 2019 an emerging infectious disease in the 21st century. Iranian South Med J 2020; 22: 432-50.
6. Danesh F, Ghavidel S. Coronavirus scientometrics of 50 years of global scientific productions. Iranian J Med Microbiol 2020; 14: 1-16.
7. Siddell S. The small membrane protein in the coronaviridae. 2 th ed. Plenum NY Publication. 1995; P.1-86.
8. Groot RJ, Baker S, Baric R, Enjuanes L, Gorbalenya A, Holmes K, et al. Family coronaviridae. Virus Tax 2012;2: 806-28.
9. Cavanagh D, Brian DA, Brinton MA, Enjuanes L, Holmes KV, Horzinek MC, et al. In virus taxonomy. 6 th ed. Springer Verlag Vienna NY Publication.1995; P. 407-11..
10. Snijder EJ, Spaan WJ. The coronaviruslike superfamily. 1 th ed. Springer Publication. 1995; P.239-55.
11. Risco C, Antón IM, Enjuanes L, Carrascosa JL. The transmissible gastroenteritis coronavirus contains a spherical core shell consisting of M and N proteins. J Virol 1996; 70: 4773-77.
12. Walker PJ, Siddell SG, Lefkowitz EJ, Mushegian AR, Adriaenssens EM, Dempsey DM, et al. Changes to virus taxonomy and the statutes ratified by the international committee on taxonomy of viruses. 1 th ed. Springer Publication. 2020;P.111-20.
13. Fazelinasab B, Mirzaei N. [Evaluation of total phenol and flavonoid content in a wide variety of native and imported plants]. Sci J Ilam Uni Medical Sci 2018; 26: 141-54. (Persian) doi.10.29252/sjimu.26.2.141
14. Keikhaie KR, Fazelinasab B, Jahantigh HR, Hassanshahian M. Antibacterial activity of ethyl acetate and methanol extracts of securigera securidaca withania sominefra rosmarinus officinalis and Aloe vera plants against important human pathogens. J Med Bacteriol 2018; 7: 13-21.
15. Valizadeh M, Beigomi M, Fazelinasab B. Antibacterial and Anti biofilm effects of ethanol and aceton leaf extract of Momordica charantia and Tecomella undulata against Acinetobacter baumannii. Int J Adv Biol Biomed Res 2020; 8: 403-18. doi.10.33945/sami/ijabbr.2020.4.6
16. Rezaeinasab M, Komeili G, Fazelinasab B. Gastroprotective effects of aqueous and hydroalcholic extract of Scrophularia striata on ethanol induced gastric ulcers in Rats. Der Pharm Lett 2017; 9: 84-93.
17. Khan R, Zakir M, Khanam Z, Shakil S, Khan AU. Novel compound from Trachyspermum ammi seeds with antibiofilm and antiadherence activities against Streptococcus mutans a potential chemotherapeutic agent against dental caries. J Appl Microbiol 2010; 109: 2151-9. doi.10.1111/j.1365-2672.2010.04847.x
18. Moazeni M, Saharkhiz MJ, Hosseini AA. In vitro lethal effect of ajowan Trachyspermum ammi L. essential oil on hydatid cyst protoscoleces. Vet Parasitol 2012; 187: 203-8. doi.10.1016/j.vetpar.2011.12.025
19. Ashraf M, Orooj A. Salt stress effects on growth, ion accumulation and seed oil concentration in an arid zone traditional medicinal plant ajwain Trachyspermum ammi L sprague. J Ar Environ2006; 64: 209-20.
20. Singh G, Kapoor I, Pandey S, Singh U, Singh R. Studies on essential oils part 10 antibacterial activity of volatile oils of some spices. Phytotherapy Res An International J Dev Pharmacol Toxicol Eval Natural Prod 2002; 16: 680-82. doi.10.1002/ptr.951
21. Fazelinasab B. The effect of explant BAP and 2,4-D on callus induction of trachyspermum ammi. Potravinarstvo Slovak J Food Sci 2018; 12: 578-86. doi.10.5219/953
22. Fazelinasab B, Fooladvand Z. A review on Iranian Carum copticum composition and biological activities. European J Med Plant 2016; 12: 1-8. doi.10.9734/EJMP/2016/17584
23. Amiri H, H LY, Esmaeili A, Samsamnia F, Eghbali D, Viskarami G, et al. Essential oil composition and anatomical study of Scrophularia striata boiss. Iranian J Med Arom Plant 2011; 27: 271-78.
24. Bekhechi C, Boti JB, Bekkara FA, Abdelouahid DE, Casanova J, Tomi F. Isothymol in ajowan essential oil. Nat Prod Commun 2010; 5: 1107-10.
25. Nei M, Li WH. Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases. Proce National Acad Sci1979; 76: 5269-73.
26. Datta PP, Sharma MR, Qi L, Frank J, Agrawal RK. Interaction of the G domain of elongation factor G and the C terminal domain of ribosomal protein L7/L12 during translocation as revealed by cryo EM. Mole Cell 2005; 20: 723-31. doi.0.1016/j.molcel.2005.10.028
27. Marchlerbauer A, Derbyshire MK, Gonzales NR, Lu S, Chitsaz F, Geer LY, et al. CDD NCBI's conserved domain database. Nucle Acids Res 2014; 43: 222-26. doi.10.1093/nar/gku1221
28. Grimanelli D, Ingouff M. DNA methylation readers in plants. J Mole Biol 2020; 432: 1706-17. doi.10.1016/j.jmb.2019.12.043
29. Shoohani B, Hemati AA, Taherimoghadam M. [Effects of Scrophularia striata extract on wound healing in Rabbit]. Sci J Ilam Uni Med Sci 2009; 17: 9-16. (Presian)
30. Kryazhimskiy S, Plotkin JB. The population genetics of dN/dS. PLoS Genet 2008; 4: 1000304.
31. Buschiazzo E, Ritland C, Bohlmann J, Ritland K. Slow but not low genomic comparisons reveal slower evolutionary rate and higher dN/dS in conifers compared to angiosperms. BMC Evol Biol2012; 12: 1-15. doi.10.1186/1471-2148-12-8
32. Ngandu NK, Scheffler K, Moore P, Woodman Z, Martin D, Seoighe C. Extensive purifying selection acting on synonymous sites in HIV-1 group M sequences. Virol J2008; 5: 1-11. doi.10.1186/1743-422X-5-160
33. Monnin A, Nagot N, Peries M, Vallo R, Meda N, Singataet al. Mitochondrial DNA parameters in blood of infants receiving lopinavir ritonavir or lamivudine prophylaxis to prevent breastfeeding transmission of HIV-1. J Clin Med 2020; 9: 2972. doi.10.3390/jcm9092972
34. Manfredi G, Thyagarajan D, Papadopoulou LC, Pallotti F, Schon EA. The fate of human sperm-derived mtDNA in somatic cells. Am J Hum Gen1997; 61: 953-60.
35. Knight RD, Freeland SJ, Landweber LF. A simple model based on mutation and selection explains trends in codon and amino acid usage and GC composition within and across genomes. Gen Biol 2001; 2: 1-10. doi.10.1186/gb-2001-2-4-research0010
36. Levin DE, Ames BN. Classifying mutagens as to their specificity in causing the six possible transitions and transversions a simple analysis using the Salmonella mutagenicity assay. Environ Mutagene 1986; 8: 9-28. doi.10.1002/em.2860080103
37. Sueoka N. Two aspects of DNA base composition G+ C content and translation coupled deviation from intra strand rule of A=T and G=C. J Mol Evol 1999; 49: 49-62. doi.10.1007/PL00006534
38. Nachman MW, Crowell SL. Estimate of the mutation rate per nucleotide in humans. Genetics 2000; 156: 297-304.
39. Andersen KG, Rambaut A, Lipkin WI, Holmes EC, Garry RF. The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Med 2020: 1-3. doi.10.1038/s41591-020-0820-9
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA

Ethics code: will send it



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Fazeli nasab B. Biological Evaluation of Coronaviruses and the Study of Molecular Docking, Linalool, and Thymol as orf1ab Protein Inhibitors and the Role of SARS-CoV-2 Virus in Bioterrorism. J. Ilam Uni. Med. Sci. 2021; 28 (6) :77-96
URL: http://sjimu.medilam.ac.ir/article-1-6449-fa.html

فاضلی نسب بهمن. ارزیابی بیولوژیکی کروناویروس‌‌ها و مطالعۀ داکینگ مولکولی، لینالول و تیمول به‌ عنوان مهارکنندۀ پروتئین orf1ab و نقش ویروس SARS-CoV-2 در بیوتروریسم. مجله دانشگاه علوم پزشکی ایلام. 1399; 28 (6) :77-96

URL: http://sjimu.medilam.ac.ir/article-1-6449-fa.html



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 28، شماره 6 - ( 11-1399 ) برگشت به فهرست نسخه ها
مجله دانشگاه علوم پزشکی ایلام Journal of Ilam University of Medical Sciences
Persian site map - English site map - Created in 0.15 seconds with 41 queries by YEKTAWEB 4643