[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
:: دوره 28، شماره 6 - ( 12-1399 ) ::
جلد 28 شماره 6 صفحات 77-96 برگشت به فهرست نسخه ها
ارزیابی بیولوژیکی کروناویروس‌‌ها و مطالعۀ داکینگ مولکولی، لینالول و تیمول به‌ عنوان مهارکنندۀ پروتئین orf1ab و نقش ویروس SARS-CoV-2 در بیوتروریسم
بهمن فاضلی نسب
گروه پژوهشی زراعت و اصلاح نباتات، پژوهشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران ، bfazelinasab@gmail.com
چکیده:   (236 مشاهده)
مقدمه: کروناویروس‌‌ها جزء ویروس‌های پوشش‌‌دار با منشأ جانوری هستند که علاوه بر بیماری تنفسی و گوارشی، در بیماری‌های عصبی نیز دیده شده‌‌اند؛ همچنین برخی از گونه‌های آن‌‌ سبب نفریت گشته‌ و یا در بیماران مبتلا به ام‌اس و هپاتیت موش نیز دیده شده‌اند؛ اما در مجموع، مهم‌ترین تأثیر کروناویروس‌ها بر سیستم تنفسی و گوارشی است. هدف از تحقیق حاضر مقایسۀ ژنوم ویروس SARS-CoV-2 با سایر ویروس‌‌های خانوادۀ کروناویروس، بررسی احتمال ساختگی بودن آن و درنهایت، ارزیابی تأثیر لینالول و تیمول بر فعالیت نداشتن پروتئین orf1ab ویروس SARS-CoV-2 است.
مواد و روش‌‌ها: توالی ژنوم ویروس‌های خانوادۀ Coronaviridae از پایگاه NCBI تهیه و پس از هم‌ردیف شدن، تعداد جهش‌‌ها، تنوع نوکلئوتیدی، تعداد جایگاه‌هایی که در آن‌ها جایگزینی مشابه اتفاق افتاده، خوشه‌بندی، تعیین شباهت و فاصلۀ ژنتیکی و شاخص dN/dS ارزیابی شد. ساختار سه‌بعدی پروتئین orf1ab پیش‌‌بینی و دقت الگوی پیش‌بینی‌شده بررسی گردید. موتیف و دومین‌‌های حفاظت‌شده برای ژن orf1ab در همۀ ویروس‌‌های خانوادۀ Coronaviridae و همچنین دومین‌های غشایی، سیتوپلاسمی و کینازی در orf1ab ویروس SARS-CoV-2 بررسی شد. برای داکینگ مولکولی، از لینالول (مهم‌ترین مادۀ تشنه‌‌داری Scrophularia striata) گیاه مدل یعنی آرابیدوپسیس و تیمول (Thymol) (مهم‌ترین مادۀ زنیان) برای فعالیت نداشتن پروتئین orf1ab کروناویروس SARS-CoV-2 استفاده گردید.
یافته‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های پژوهش: ویروس SARS-CoV-2، 11 دومین حفاظت‌‌شده و از سویی، 11 ژن دارد. حضور دومین‌های NSP13 super family و SUD-M super family در ژنوم ویروس SARS-CoV-2، نشان‌دهندۀ توانایی و تلاش این ویروس برای پایداری بیشتر در محیط است. بر اساس مقدار عددی شاخص‌های dN/dS (036/1) و Tajima´s D (39/4) برای orf1ab، شیب تغییرات در طول تکامل برای ژن orf1ab بسیار کند و عدم انتخاب جهت‌دار در تغییرات ویروس‌‌ها است. بر اساس بیشترین اثر متقابل میان پروتئین لینالول و پروتئین orf1ab (0/41-) و بیشترین دقت (172/0) و بر اساس کمتـــرین سطــــح انــــرژی (Kcal/mol23/6-ΔG=) و بهترین ترکیب (Kcal/mol18/1340-Full Fitness=) میان مادۀ فیتوشیمیایی تیمول و پروتئین orf1ab، نتایج داکینگ مولکولی نشان داد که هم پروتئین لینالول و هم مادۀ تیمول بر پروتئین orf1ab پیوند گردیده و مانع فعالیت آن خواهند شد.
بحث و نتیجه‌گیری: لینالول و تیمول بر فعالیت نداشتن پروتئین orf1ab ویروس SARS-CoV-2 مؤثر بوده‌اند، هرچند برای اثبات این قضایا، باید تست بالینی خاصیت درمانی لینالول و تیمول انجام و در صورت تائید، استفاده از آن پیشنهاد شود. ضمناً با بررسی شاخص dN/dS، شاخص D و ارزیابی سینگلتن‌‌‌‌‌‌ها، دومین‌‌ها و مناطق حفاظت‌‌شدۀ همۀ ویروس‌‌ها مشخص شد که ویروس SARS-CoV-2 نمی‌تواند ساختگی باشد.
 
واژه‌های کلیدی: زنیان|تشنه داری|آویشن|کوید19 ،
متن کامل [PDF 1400 kb]   (45 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: بهداشت و محيط زيست
دریافت: 1399/1/20 | پذیرش: 1399/7/12 | انتشار: 1399/12/10
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA

Ethics code: will send it



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Fazeli nasab B. Biological Evaluation of Coronaviruses and the Study of Molecular Docking, Linalool, and Thymol as orf1ab Protein Inhibitors and the Role of SARS-CoV-2 Virus in Bioterrorism. sjimu. 2021; 28 (6) :77-96
URL: http://sjimu.medilam.ac.ir/article-1-6449-fa.html

فاضلی نسب بهمن. ارزیابی بیولوژیکی کروناویروس‌‌ها و مطالعۀ داکینگ مولکولی، لینالول و تیمول به‌ عنوان مهارکنندۀ پروتئین orf1ab و نقش ویروس SARS-CoV-2 در بیوتروریسم. مجله علمی دانشگاه علوم پزشکی ایلام. 1399; 28 (6) :77-96

URL: http://sjimu.medilam.ac.ir/article-1-6449-fa.html



دوره 28، شماره 6 - ( 12-1399 ) برگشت به فهرست نسخه ها
مجله علمی پزوهشی دانشگاه علوم پزشکی ایلام scientific journal of ilam university of medical sciences
Persian site map - English site map - Created in 0.21 seconds with 31 queries by YEKTAWEB 4282