[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: درباره نشريه :: صفحه اصلي :: آخرين شماره :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
:: دوره 29، شماره 1 - ( 1-1400 ) ::
جلد 29 شماره 1 صفحات 64-50 برگشت به فهرست نسخه ها
آنالیز بیوانفورماتیکی تأثیر Linalool تشنه‌داری(Scrophularia striata) بر پروتئین VacA هلیکوباکتر پیلوری
بهمن فاضلی نسب*
گروه زراعت و اصلاح نباتات، پژوهشکده کشاورزی، دانشگاه زابل، زابل، ایران ، bfazelinasab@gmail.com
چکیده:   (1490 مشاهده)
مقدمه: برخی گیاهان ازجمله تشنه­داری، به‌طور سنتی در میان مردم زاگرس‌نشین، به‌عنوان التیام‌بخش عفونت و زخم استفاده می­شده است. در تحقیقات پیشین، اثر التیام‌بخشی عصارۀ آبی و هیدروالکلی آن بر استرس اکسیداتیو و درمان زخم معدۀ ناشی از اتانول در موش صحرایی تائید شده است. بر اساس این، هدف از تحقیق حاضر، آنالیز بیوانفورماتیکی تأثیر Linalool (یکی از بیشترین اجزای تشنه­داری) بر مهار پروتئین VacA هلیکوباکتر پیلوری است.
مواد و روش‌ها: توالی­های DNA و پروتئینی Linalool گیاه آرابیدوپسیس و توالی ژن VacA هلیکوباکتر پیلوری از سراچۀ NCBI تهیه شد. میزان هم‌ردیفی توالی‌های DNA و پروتئینی Linalool و VacA توسط نرم‌افزار Clustalw vol.2  بررسی و موتیف­های حفاظت‌شده با استفاده از برنامه MEME جستجو گردید. درخت فیلوژنی به‌وسیلۀ نرم­افزار MEGA vol.5 ترسیم شد. برای تعیین ساختار سوم و همچنین داکینگ مولکولی بر اساس همولوژی، توسط نرم‌افزار Swiss-Model و ESYPred3D و همچنین Galaxy Web صورت گرفت.
یافته‌های پژوهش: پروتئین‌های لینالول گزارش‌شده در سراچۀ NCBI، در بیشتر گیاهان، سه موتیف حفاظت‌شده (در محدودۀ 100 تا 300 اسید آمینه) دارد. پروتئین VacA هر سه نوع دومین سیتوپلاسمی، غشایی و کینازی را داراست. بهترین الگوی داکینگ مولکولی بر اساس بیشترین اثر متقابل میان پروتئین لینالول و پروتئین VacA (0/21) و بیشترین دقت (133/0) انتخاب شد. نتایج نشان داد که در ساختار هر دو پروتئین لینالول و VacA، گروه‌های گوناگونی ازجمله گروه‌های آلیفاتیک (چربی)، قطبی و آب‌دوست داشت. حضور چربی و آب‌دوست بودن در پروتئین VacA، به آن این قابلیت را می‌دهد که بتواند در صورت تجزیه نشدن، توسط سلولی‌های لنفوسیت، به‌راحتی از غشای سلول‌ها عبور کند و سبب بیماری‌زایی شود. از سویی، حضور همین گروه‌ها در لینالول نیز عاملی است که توانسته است پروتئین VacA را مهار کند.
بحث و نتیجه‌گیری: آنالیز بیوانفورماتیکی نشان داد که لینالول سبب از میان بردن آثار هلیکوباکتر پیلوری می­شود؛ همچنین نتایج پژوهش حاضر می‌تواند به‌عنوان پایه‌ای برای تحقیقات آینده، برای ارزیابی تأثیر تک­تک مواد مؤثر تشنه­داری به‌ویژه لینالول، بر باکتری هلیکوباکتر پیلوری استفاده شوند.
واژه‌های کلیدی: داکینگ مولکولی، گل میمون سازویی، پروتئین VacA، سرطان معده
متن کامل [PDF 1159 kb]   (610 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: بیوتکنولوژی
دریافت: 1399/7/22 | پذیرش: 1399/11/5 | انتشار: 1400/1/10
فهرست منابع
1. Signal V, Gurney J, Inns S, McLeod M, Sika-Paotonu D, Sowerbutts S, et al. Helicobacter pylori, stomach cancer and its prevention in New Zealand. Journal of the Royal Society of New Zealand. 2020; 50(3):397-417. [DOI:10.1080/03036758.2019.1650081]
2. Ahmadi E, Amini K, Sadeh M. Prevalence of cagA, cagT, cagE, vacA and hrgA genes in Helicobacter pylori strains isolated from patients with gastric cancer in Karaj city, 2016. Feyz Journal of Kashan University of Medical Sciences. 2018; 21(6):562-8.
3. De Bruyne E, Ducatelle R, Foss D, Sanchez M, Joosten M, Zhang G, et al. Oral glutathione supplementation drastically reduces Helicobacter-induced gastric pathologies. Sci Rep. 2016; 6(1):1-13. [DOI:10.1038/srep20169]
4. Hammond CE, Beeson C, Suarez G, Peek Jr RM, Backert S, Smolka AJ. Helicobacter pylori virulence factors affecting gastric proton pump expression and acid secretion. American Journal of Physiology-Gastrointestinal and Liver Physiology. 2015; 309(3):G193-G201. [DOI:10.1152/ajpgi.00099.2015]
5. Gaddy JA, Radin JN, Cullen TW, Chazin WJ, Skaar EP, Trent MS, et al. Helicobacter pylori resists the antimicrobial activity of calprotectin via lipid A modification and associated biofilm formation. mBio. 2015; 6(6):e01349-15. https:doi.org/10.1128/mBio.01349-15
6. Idowu A, Mzukwa A, Harrison U, Palamides P, Haas R, Mbao M, et al. Detection of Helicobacter pylori and its virulence genes (cag A, dup A, and vac A) among patients with gastroduodenal diseases in Chris Hani Baragwanath Academic Hospital, South Africa. BMC gastroenterology. 2019; 19(1):73. [DOI:10.1186/s12876-019-0986-0]
7. Essawi T, Hammoudeh W, Sabri I, Sweidan W, Farraj MA. Determination of Helicobacter pylori virulence genes in gastric biopsies by PCR. ISRN gastroenterology. 2013; 2013:Article ID 606258. http://dx.doi.org/10.1155/2013/606258
8. Obayashi N, Ohtsuka Y, Hosoi K, Ikuse T, Jimbo K, Aoyagi Y, et al. Comparison of gene expression between pediatric and adult gastric mucosa with Helicobacter pylori infection. Helicobacter. 2016; 21(2):114-23. [DOI:10.1111/hel.12245]
9. Huang JY, Sweeney EG, Sigal M, Zhang HC, Remington SJ, Cantrell MA, et al. Chemodetection and destruction of host urea allows Helicobacter pylori to locate the epithelium. Cell host & microbe. 2015; 18(2):147-56. [DOI:10.1016/j.chom.2015.07.002]
10. Butt J, Blot WJ, Shrubsole MJ, Waterboer T, Pawlita M, Epplein M. Differences in antibody levels to H. pylori virulence factors VacA and CagA among African Americans and whites in the Southeast USA. Cancer Causes & Control. 2020:1-6. [DOI:10.1007/s10552-020-01295-z]
11. De M, Krishna De A, Banerjee A. Antimicrobial screening of some Indian spices. Phytotherapy research. 1999; 13(7):616-8.
12. Mehrabi A-A, Fazeli-Nasab B. In vitro culture of Allium scorodoprasum spp. Rotundum: callus induction, somatic embryogenesis and direct bulblet formation. Intl J Agri Crop Sci. 2012; 4(1):1-7.
13. Fazeli-Nasab B. The effect of explant, BAP and 2,4-D on callus induction of trachyspermum ammi. Potravinarstvo Slovak Journal of Food Sciences. 2018; 12(1):578-86. [DOI:10.5219/953]
14. Fazeli-Nasab B, Sirousmehr A, Mirzaei N, Solimani M. Evaluation of total phenolic, flavenoeid content and antioxidant activity of Leaf and Fruit in 14 different genotypes of Ziziphus mauritiana L. in south of Iran. Eco-Phytochemical Journal of Medicinal Plants. 2017; 4(4):1-14.
15. Rezaei-Nasab M, Komeili G, Fazeli-Nasab B. Gastroprotective effects of aqueous and hydroalcholic extract of Scrophularia striata on ethanol-induced gastric ulcers in rats. Der Pharmacia Lettre. 2017; 9(5):84-93.
16. Fazeli-Nasab B. Biological Evaluation of Coronaviruses and the Study of Molecular Docking, Linalool, and Thymol as orf1ab Protein Inhibitors and the Role of SARS-CoV-2 Virus in Bioterrorism. journal of ilam university of medical sciences. 2021; 28(6):77-96. [DOI:10.29252/sjimu.28.6.77]
17. Nasri S, Cheraghi J, Soltanbaygi S. Antinociceptive and anti-inflammatory effect of alcoholic extract of root and stem of Scrophularia striata Boiss. in male mice. Iranian Journal of Medicinal and Aromatic Plants. 2013; 29(1):74-84.
18. Amiri H, H. L-Y, Esmaeili A, Samsamnia F, Eghbali D, Viskarami G, et al. Essential oil composition and anatomical study of Scrophularia striata Boiss. Iranian Journal of Medicinal and Aromatic Plants. 2011; 27(2):271-8.
19. Shoohani B, Hemati AA, Taheri Moghadam M. Effects of Scrophularia striata Extract on Wound Healing in Rabbit. Scientific Journal of Ilam University of Medical Sciences. 2009; 17(8):9-16.
20. Babri S, Doosti MH, Fatehi L, Salari AA. The effects of Scrophularia striata extract on anxiety and depression behaviors in adult male mice. Pharmaceutical Sciences. 2012; 18(2):133-40.
21. Azadmehr A, Alizadeh-Oghyanous K, Hajiaghaee R, Amirghofran Z, Azadbakht M. Antioxidant and Neuroprotective Effects of Scrophularia striata Extract Against Oxidative Stress-Induced Neurotoxicity. Cell Molecular Neurobiology. 2013; 33:1135-41.
22. Azhdari-Zarmehri H, Nazemi S, Ghasemi E, Musavi Z, Tahmasebi Z, . Farsad F, et al. Assessment of Effect of Hydro-Alcoholic Extract of Scrophularia Striata on Burn Healing in Rat. Journal of Babol University Of Medical Sciences. 2014; 16(5):42-8.
23. Havasyan M, Panahi J, Pakzad A, Davoudian A, Jalilian A, Zamanian-Azdi M. Evaluation of inhibitory effect of extract Scrophularia (Scrophularia striata) on Candida albicans in vitro. Medical Journal. 2012; 36(1):19-23.
24. Tandon M, Srivastava R, Nagpal R, Khosla P, Singh J. Differential modulation of nociceptive responses to mu and kappa opioid receptor directed drugs by blood glucose in experimentally induced diabetes rats. Indian Journal of Experimental Biology (IJEB). 2000; 38(3):242-8.
25. Samini M, Dehpour A, Babazadeh K. Study of efffect of melatonin on water immersion stress-induced gastric lesion. Tehran University Medical Journal (Tumj). 2003; 61(3):178-81.
26. Bailey TL, Gribskov M. Combining evidence using p-values: application to sequence homology searches. Bioinformatics (Oxford, England). 1998; 14(1):48-54. [DOI:10.1093/bioinformatics/14.1.48]
27. Nei M, Kumar S. Molecular evolution and phylogenetics: Oxford university press; 2000. 329 Pages, ISBN: 0-19-513584-9
28. LI WH. Molecular evolution. Sinauer, Sunder-land, Massachusetts, ISBN : 0878934634 , 487 Pages1997.
29. Bas E, Recio MC, Máñez S, Giner RM, Escandell JM, López-Ginés C, et al. New insight into the inhibition of the inflammatory response to experimental delayed-type hypersensitivity reactions in mice by scropolioside A. Eur J Pharmacol. 2007; 555(2):199-210.
30. Stevenson PC, Simmonds MS, Sampson J, Houghton PJ, Grice P. Wound healing activity of acylated iridoid glycosides from Scrophularia nodosa. Phytotherapy research. 2002; 16(1):33-5.
31. Mortimer P, Burnand K, Champion R, Burton J, Burns D, Breathnach S. Rook’s textbook of dermatology. Rook Textbook of Dermatology. 2004.
32. Diaz AMa, Abad MaJ, Fernández L, Silván AM, De Santos J, Bermejo P. Phenylpropanoid glycosides from Scrophularia scorodonia: in vitro anti-inflammatory activity. Life sciences. 2004; 74(20):2515-26.
33. Fernández MA, Garcia M, Saenz M. Antibacterial activity of the phenolic acids fractions of Scrophularia frutescens and Scrophularia sambucifolia. J Ethnopharmacol. 1996; 53(1):11-4.
34. Giner R-Ma, Villalba Ma-L, Recio Ma-C, Máñez S, Cerdá-Nicolás M, Rı́os J-L. Anti-inflammatory glycoterpenoids from Scrophularia auriculata. European journal of pharmacology. 2000; 389(2-3):243-52. [DOI:10.1016/S0014-2999(99)00846-8]
35. Nabiuni M, Oryan S, Ayyobipor M, Bagheri M. Histochemical study of Verbascum speciocum extract's effects on the wound healing in rats. Journal of Cell & Tissue. 2011; 2(1):67-75.
36. Moezzi N, Varzi H, Shirali S. Comparing the effect of Elaeagnus angustifolia L. extract and Lowsonia intermis L. paste, with silver sulfadiazine ointment on wound healing in rat. Iranian Journal of Medicinal and Aromatic Plants. 2009; 25(2):253-60.
37. Shakibaie D, Pasharavesh L, Khoshboo S, Kaboodi B. The Effect of the" Falcaria vulgaris" on deep skin wound remodeling time and skin tension power in rats. Journal of Kermanshah University of Medical Sciences (J Kermanshah Univ Med Sci). 2006; 10(3):187-94.
38. Hafezi F, Elmirad H, Pedram MS. Determination of the Macroscopic Effect of Kiwi Fruit on Wound Healing in Rats (A New Effective Drug for the Treatment of Deep Chronic Wounds). Iranian Journal of Surgery. 2009; 17(1):1-9.
39. Pakbaz Z, Shirazi MH, Pourman MR, Ranjbar R, Hoseini M, Vaise Malekshahi Z, et al. Frequency of sialic acid binding adhesin gene in Helicobacter pylori isolated from patient with gastroduodenal diseases. Scientific Journal of Kurdistan University of Medical Sciences. 2013; 18(2):114-20.
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA

Ethics code: IR.UOZ.REC.1399.002



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Fazeli-Nasab B. In Silico Analysis of the Effect of Scrophularia striata Linalool on VacA Protein of Helicobacter Pylori. Journal of Ilam University of Medical Sciences 2021; 29 (1) :50-64
URL: http://sjimu.medilam.ac.ir/article-1-6801-fa.html

فاضلی نسب بهمن. آنالیز بیوانفورماتیکی تأثیر Linalool تشنه‌داری(Scrophularia striata) بر پروتئین VacA هلیکوباکتر پیلوری. مجله دانشگاه علوم پزشکی ایلام 1400; 29 (1) :64-50

URL: http://sjimu.medilam.ac.ir/article-1-6801-fa.html



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 29، شماره 1 - ( 1-1400 ) برگشت به فهرست نسخه ها
مجله دانشگاه علوم پزشکی ایلام Journal of Ilam University of Medical Sciences
Persian site map - English site map - Created in 0.15 seconds with 31 queries by YEKTAWEB 4541