مقدمه: بیماری اکینوکوکوزیس یکی از مهم ترین بیماری های مشترک بین انسان و حیوان در بسیاری از مناطق دنیا از جمله ایران است که توسط مرحله لاروی کرم اکینوکوکوس گرانولوزوس ایجاد می گردد. این انگل از تنوع ژنتیکی بسیار بالایی برخوردار است و شامل کمپلکسی از ژنوتیپ (استرین) های مختلف است. معمولاً در مناطقی که بیماری آندمیک است، تنوع ژنتیکی نسبتاً زیادی در انگل از لحاظ بیولوژی وجود دارد. تحقیقات انجام شده در مناطق مختلف دنیا نشان می دهد که تنوع ژنوتیپی و ماهیت کمپلکس اکینوکوکوس گرانولوزوس، بر چرخه زندگی انگل، مسیرهای انتقال، بیماری-زایی، آنتی ژنیسیتی، ایمنی زایی، پاسخ به داروها، همه گیر شناسی و کنترل این بیماری تأثیرگذار است. این مطالعه برای اولین بار با هدف تعیین ژنوتیپ ایزوله های گوسفندی و انسانی کیست هیداتید در استان ایلام انجام شد. مواد و روش ها: تعداد 20 نمونه کیست هیداتید گوسفندی از کشتارگاه صنعتی ایلام و 10 نمونه انسانی از بیمارستان های شهرستان ایلام جمع آوری شد. پس از استخراج DNA ژنومی پروتواسکولکس ها، نواحی mitDNA NADH dehydrogenase subunit 1 (nad1) توسط PCR تکثیر و محصولات PCR با استفاده از روش PCR-RFLP آنالیز شدند. یافته های پژوهش: بر اساس نتایج به دست آمده، اندازه قطعاتnad-1 تکثیر یافته، bp 550 بود. الگوهای قطعات به دست آمده از محصول PCR بعد از برش با آنزیم های AluI و RsaI نشان داد که تمامی نمونه ها، الگوی RFLP مشابه داشتند و با آنزیم HpaII نیز هیچ گونه برشی ایجاد نگردید. بحث و نتیجه گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که تشابه ژنوتیپی بین اندازه قطعات باندهای DNA اکینوکوکوس گرانولوزوس ایزوله های مختلف انسانی و گوسفندی با روش PCR-RFLP بیانگر وجود ژنوتیپ های متشابه انگل در منطقه ایلام است و حداقل یک ژنوتیپ از انگل حضور دارد که ژنوتیپ G1 یا همان استرین شایع گوسفندی متعلق به کمپلکس اکینوکوکوس گرانولوزوس سنسو استریکتو (G1-G3) می باشد.