[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: درباره نشريه :: صفحه اصلي :: آخرين شماره :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
:: دوره 30، شماره 3 - ( 5-1401 ) ::
جلد 30 شماره 3 صفحات 28-12 برگشت به فهرست نسخه ها
آنالیز جهش‌های بدمعنی ژن CX3CR1 در بیماران سقط مکرر با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی
بهاره مزروعی1 ، محمد مهدی حیدری* 2، مهری خاتمی1
1- گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه یزد، یزد، ایران
2- گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه یزد، یزد، ایران ، heidarimm@yazd.ac.ir
چکیده:   (113 مشاهده)
مقدمه: سقط عارضۀ شایعی است که به پایان زودرس بارداری، با مرگ جنین پیش از هفتۀ 20 بارداری اطلاق می شود. بررسی ها نشان می دهند که ژن های فراوانی در بروز این اختلال دخالت دارند. ژن CX3CR1 یکی از این ژن های پاسخ التهابی در دستگاه ایمنی است. در این مطالعه، با به‌کارگیری روش های مختلف آنالیز بیوانفورماتیکی، به اثبات بیماری زایی واریانت‌های rs3732378 و rs3732379 پرداخته شد.
مواد و روش ها: در این مطالعه، از ابزارهای بیوانفورماتیکی برای پیش‌بینی اثر جهش های rs3732378 و rs3732379 شامل SIFT، PolyPhen 2، PROVEAN، Predict SNP و Exome Variant Server استفاده گردید. تغییرات پایداری پروتئین جهش‌یافته با ابزارهای I-Mutant و DynaMut بررسی شد؛ همچنین مدل‌سازی، بررسی ساختار پروتئین، داکینگ و برهم‌کنش پروتئین-لیگاند به‌ترتیب با استفاده از ابزارهای SWISS-MODEL، SwissDock و FRODOCK، نرم افزار PyMOL، Hawkdock و نرم‌افزار MolSoft انجام گرفت.
یافته‌ها: پلی مورفیسم های بسیار فراوانی در ارتباط با ژن CX3CR1 شناخته شده اند. از میان پلی مورفیسم های گزارش‌شده، تعداد ۲۴۴ پلی مورفیسم مربوط به جهش بدمعنی در بانک اطلاعاتی dbSNP گزارش‌شده بود که از این تعداد، ۲ جهش بدمعنی rs3732378 (g.39307162 G>A و p.Thr280Met) و rs3732379 (g.39307256 C>T و p.Val249Ile) مربوط به بیماری سقط مکرر بود و بررسی گردید. نتایج به‌دست‌آمده از نرم افزارهای بیوانفورماتیکی نشان داد که احتمالاً هر دو واریانت به‌عنوان جهش بیماری زا پیش بینی شده و باعث تغییر پایداری ساختار پروتئین گردیده‌اند و در میان‌کنش با لیگاند تأثیرگذارند.
بحث و نتیجه‌گیری: یافته های این مطالعه نشان می دهد که این دو جهش بدمعنی ژن CX3CR1، به‌عنوان کاندید مهمی برای بیماری زایی سقط مکرر عمل می‌کنند و شناسایی آن‌ها در بیماران مبتلا به سقط مکرر می تواند به‌عنوان یک عامل خطر در نظر گرفته شود.
 
واژه‌های کلیدی: بیوانفورماتیک، ژن CX3CR1، جهش بیماری زا، سقط مکرر
متن کامل [PDF 1875 kb]   (33 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: بیولوژی
دریافت: 1399/10/20 | پذیرش: 1400/11/9 | انتشار: 1401/5/15
فهرست منابع
1. Dabhi B, Mistry KN. In silico analysis of single nucleotide polymorphism (SNP) in human TNF-α gene. Meta gene 2014;2:586-95. doi: 10.1016/j. mgene.2014.07.005
2. Yadav AK, Tomar S, Jha AK, Singh J. Importance of molecular markers in livestock improvement: a review. Int J Agriculture Innov Res 2017;5:614-22.
3. Al-Samarai FR, Al-Kazaz AA. Molecular markers: An introduction and applications. Euro J molecul biotech 2015;9:118-30. doi: 10.13187/ ejmb.2015.9.118
4. Vignal A, Milan D, SanCristobal M, Eggen A. A review on SNP and other types of molecular markers and their use in animal genetics. Genet Sel Evol 2002;34:275-305. doi: 10.1051/gse: 002009
5. Mazrouei B, Heidari MM, Khatami M, Tahmasebi M. Molecular Mechanisms of Recurrent Pregnancy Loss. J Shahid Sadoughi Uni Med Sci 2020;28:2255-71. doi: 10.18502/ssu.v28i1.3129
6. Heidari MM, Sheikholeslami M, Yavari M, Khatami M, Seyedhassani SM. The association of renin–angiotensinogen system genes polymorphisms and idiopathic recurrent pregnancy loss. Hum Fertil 2019;22:164-70. doi: 10.1080/14647273.2017.1388545
7. Parveen F, Faridi R, Singh B, Agrawal S. Analysis of CCR5 and CX3CR1 gene polymorphisms in association with unexplained recurrent miscarriages among north Indian women. Cytokine 2011;56:239-44. doi: 10.1016/ j.cyto.2011.07.009
8. Moffett A, Loke C. Immunology of placentation in eutherian mammals. Nat Rev Immunol 2006;6:584-94 doi: 10.1038/nri1897
9. Sonmez O, Sonmez M. Role of platelets in immune system and inflammation. Porto Biomed J 2017;2:311-14. doi: 10.1016/j.pbj.2017.05.005
10. Drake PM, Gunn MD, Charo IF, Tsou C-L, Zhou Y, Huang L, et al. Human placental cytotrophoblasts attract monocytes and CD56 bright natural killer cells via the actions of monocyte inflammatory protein 1α. J Exp Med 2001;193:1199-212. doi: 10.1084/jem.193. 10.1199
11. Red-Horse K, Drake PM, Fisher SJ. Human pregnancy: the role of chemokine networks at the fetal-maternal interface. J Exp Med 2004;6:1. doi: 10.1017/S1462399404007720
12. Bazan JF, Bacon KB, Hardiman G, Wang W, Soo K, Rossi D, et al. A new class of membrane-bound chemokine with a CX 3 C motif. Nature. 1997;385:640-4. doi: 10.1038/385640a0
13. Hannan NJ, Jones RL, Critchley HO, Kovacs GJ, Rogers PA, Affandi B, et al. Coexpression of fractalkine and its receptor in normal human endometrium and in endometrium from users of progestin-only contraception supports a role for fractalkine in leukocyte recruitment and endometrial remodeling. J Clin Endocrinol Metab 2004;89:6119-29. doi: 10.1210/jc.2003-031379
14. Huang S, Zhao P, Yang L, Chen Y, Yan J, Duan E, et al. Fractalkine is expressed in the human ovary and increases progesterone biosynthesis in human luteinised granulosa cells. Reprod Biol Endocrinol 2011;9:95. doi: 10.1186/1477-7827- 5
15. Stepanian A, Benchenni S, Beillat-Lucas T, Omnes S, Defay F, Peynaud-Debayle E, et al. Search for an association between V249I and T280M CX3CR1 genetic polymorphisms, endothelial injury and preeclampsia: the ECLAXIR study. PLoS One 2009;4:e6192. doi: 10.1371/journal.pone.0006192
16. Kervancioglu Demirci E, Salamonsen LA, Gauster M. The role of CX3CL1 in fetal-maternal interaction during human gestation. Cell Adh Migr 2016;10:189-96. doi: 10.1080/19336918. 2015.1089378
17. Cardona SM, Kim SV, Church KA, Torres VO, Cleary IA, Mendiola AS, et al. Role of the fractalkine receptor in CNS autoimmune inflammation: new approach utilizing a mouse model expressing the human CX3CR1I249/M280 variant. Front Cell Neurosci 2018;12:365. doi: 10.3389/fncel.2018.00365
18. Mwapagha L, Ng’ang’a Z, Mutuiri S, Miheso B, Khamadi S. Genetic Polymorphisms of the CX3CR1 Gene Associated with HIV-1 Infections in Kenyan Population. J AIDS Clin Res. 2017;8:2. doi: 10.4172/2155-6113.1000712
19. Moatti D, Faure S, Fumeron F, Amara MEW, Seknadji P, McDermott DH, et al. Polymorphism in the fractalkine receptor CX3CR1 as a genetic risk factor for coronary artery disease. Blood 2001;97:1925-8. doi: 10.1182/blood.V97.7.1925
20. Wojdasiewicz P, Poniatowski ŁA, Kotela A, Deszczyński J, Kotela I, Szukiewicz D. The chemokine CX3CL1 (fractalkine) and its receptor CX3CR1: occurrence and potential role in osteoarthritis. Arch Immunol Ther Exp 2014;62:395-403. doi: 10.1007/s00005-014-0275-0
21. Poniatowski ŁA, Wojdasiewicz P, Krawczyk M, Szukiewicz D, Gasik R, Kubaszewski Ł, et al. Analysis of the role of CX3CL1 (Fractalkine) and its receptor CX3CR1 in traumatic brain and spinal cord injury: Insight into recent advances in actions of neurochemokine agents. Mol Neurobiol 2017;54:2167-88. doi: 10.1007/s12035-016-9787-4
22. Shimoya K, Zhang Q, Tenma K, Ota Y, Hashimoto K, Shizusawa Y, et al. Fractalkine (FRK) levels in amniotic fluid and its production during pregnancy. Mol Hum Reprod 2003;9:97-101. doi: 10.1093/molehr/gag009
23. Imai T, Hieshima K, Haskell C, Baba M, Nagira M, Nishimura M, et al. Identification and molecular characterization of fractalkine receptor CX3CR1, which mediates both leukocyte migration and adhesion. Cell 1997;91:521-30. doi: 10.1016/S0092-8674(00)80438-9
24. Aguiar TFM, Rivas MP, Costa S, Rodrigues T, de Barros JS, Barbosa AC, et al. Mutational burden of hepatoblastomas: a role for the CX3CL1/ CX3CR1 chemokine signaling pathway. bioRxiv 2019:555466. doi: 10.1101/555466
25. Daher S, Shulzhenko N, Morgun A, Mattar R, Rampim GF, Camano L, et al. Associations between cytokine gene polymorphisms and recurrent pregnancy loss. J Reprod Immunol 2003;58:69-77. doi: 10.1016/S0165-0378(02) 00059-1
26. Furio E, García-Fuster MJ, Redon J, Marques P, Ortega R, Sanz MJ, et al. CX3CR1/CX3CL1 Axis Mediates Platelet–Leukocyte Adhesion to Arterial Endothelium in Younger Patients with a History of Idiopathic Deep Vein Thrombosis. Thromb Haemost 2018;118:562-71. doi: 10.1055/s-0038-1629897
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA


XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Mazrouei B, Heidari M M, Khatami M. Analysis of Missense Mutations of CX3CR1 Gene in Patients with Recurrent Pregnancy Loss Using Bioinformatics Tools. sjimu. 2022; 30 (3) :12-28
URL: http://sjimu.medilam.ac.ir/article-1-6948-fa.html

مزروعی بهاره، حیدری محمد مهدی، خاتمی مهری. آنالیز جهش‌های بدمعنی ژن CX3CR1 در بیماران سقط مکرر با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی. مجله علمی دانشگاه علوم پزشکی ایلام. 1401; 30 (3) :28-12

URL: http://sjimu.medilam.ac.ir/article-1-6948-fa.html



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 30، شماره 3 - ( 5-1401 ) برگشت به فهرست نسخه ها
مجله دانشگاه علوم پزشکی ایلام Journal of Ilam University of Medical Sciences
Persian site map - English site map - Created in 0.16 seconds with 31 queries by YEKTAWEB 4427