fa مطالعه روش های آنالیز شبکه جهت تفسیر فنوتیپ های پیچیده در شبکه های بیولوژیک میکروب شناسی پزشکی Medical microbiology پژوهشي Research آنالیز شبکه ژنی بخش مهمی از مطالعات بیولوژی سیستم ها است. در مقایسه با مطالعات سنتی ژنوتیپ / فنوتیپ که با تمرکز بر ایجاد روابط بین ژنهای منفرد و ویژگی مورد نظر است ، آنالیز شبکه ما را قادر می سازد تا به مشاهده تمام ژن ها با هم پرداخته که به نوبه خود عملکرد بیولوژیکی درست را نشان می دهد. آنالیز شبکه همچنین کمک به استنتاج اطلاعاتی سودمند از شبکه می کند و در کشف فرآیندهای بیولوژیکی از یک شبکه نیز یاری می رساند. در این مطالعه روش های اصلی و برنامه های کاربردی در آنالیز شبکه به سه موضوع اصلی جهت تفسیر فنوتیپ های پیچیده می پردازند. نخستین جنبه ،شناسایی اهمیت هر گره در شبکه است که مهمترین یا ضروری ترین ژن شبکه، همچنین کم اهمیت ترین و قابل چشم پوشی ترین ژن تعیین می شود. جنبه دیگر، شناسایی ژن های عملکردی تر در کل شبکه است که با اندازه گیری ارتباطات مستقیم یک ژن با سایر ژن ها و توجه به کل ارتباطات شبکه بدست می آید. شناسایی مسیرها یا جریان ها در شبکه ها با کمک ژنهای شناخته شده به عنوان ورودی و خروجی شبکه جنبه نهایی مورد بحث در آنالیز شبکه است.اگر چه این روش ها دارای مزایای زیادی است بیولوژی شبکه هنوز با بسیاری از چالش ها روبرو است بنابراین بیشتر روش ها در هم ادغام شده تا ابزاری مهم را برای آنالیز شبکه ایجاد نمایند .تسلط بر این روش ها ضروری به نظر می رسد اما برای درک بیولوژی کافی نیست. بنابراین مهمترین مسئله انجام سوالی درست است تا ابزارهای آنالیز شبکه مناسب انتخاب شود و جهت ارزیابی نتیجه آنالیز نیز آزمایشات تجربی صورت گیرد. در نهایت می توان گفت بیولوژی شبکه و بیولوژی ملکولی دارای هدف اصلی مشابه هستند و آن درک بهتر فرآیند های بیولوژیکی و کشف مکانیسم بیمارهای انسانی است. Gene network analysis is an important part of systems biology studies. Compared with traditional genotype/phenotype studies that focused on establishing the relationships between single genes and interested traits, network analysis give us a global view of how all the genes work together properly, which in turn leads to the correct biological functions. Network analysis also helps to derive useful information from the network and also helps the discovery of biological processes from a network. In this study, the main methods and applications in network analysis to interpret complex phenotypes basically explain three aspects. The first aspect is to identify the importance of each node in the network which determine more important or crucial genes, or less important or dispensable one. Another aspect is to identify which genes are more functionally related through the whole network view by measuring the direct gene connections and also by considering the connections through the whole network. Identifying the paths or flows through the networks with known input and output genes is the last aspect discussed in network analysis. Although these methods have many advantages, network biology still faces many challenges so more methods have emerged, which provide important tools for network analysis. Mastering these methods is necessary, but far from sufficient for understanding biology. More important things to do are to ask the right questions, to choose proper network analysis tools, and to validate analysis results by solid experimentation. Finally can express that the fundamental goal is the same for network biology and molecular biology – to better understand biological processes and the mechanisms of human diseases. گره ،لبه ، شبکه بیان ژن، آنالیز شبکه Node, Edge, Gene expression networks, Network analysis 225 233 http://sjimu.medilam.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-220-94&slc_lang=fa&sid=1 h zali حکیمه زالی 9600319475328460011892 9600319475328460011892 No m rezaee tavirani مصطفی رضایی طاویرانی rezaei.tavirani@ibb.ut.ac.ir 9600319475328460011893 9600319475328460011893 Yes k haidarbegi خدیجه حیدربیگی 9600319475328460011894 9600319475328460011894 No m shahriari noor مهدی شهریاری نور 9600319475328460011895 9600319475328460011895 No