fa بررسی تأثیر داروی سیپروفلوکساسین بر ساختار پروتئین رودوپسین با استفاده از روش محاسباتی داکینگ مولکولی فارماکولوژی pharmacology پژوهشي Research <div style="text-align: justify;"><span style="font-size:8pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="color:black"><span style="letter-spacing:.1pt">مقدمه:</span></span></span></span></b> <span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">آنتی</span></span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt">‌‌</span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">بیوتیک سیپروفلوکساسین در درمان سمیت شبکیۀ چشم یا رتینوپاتی استفاده می</span></span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt">‌‌</span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">شود. در این مقاله، تأثیر داروی سیپروفلوکساسین بر ساختار پروتئین رودوپسین و پایداری و یا ناپایداری این پروتئین در حضور دارو بررسی می‌گردد. نوع پیوند دارو و پروتئین روی دفع و یا برهم‌کنش دارو با بافت</span></span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt">‌‌</span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">های هدف مؤثر است.</span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:9.0pt"><span style="font-family:"B Zar""></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:8pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="color:black"><span style="letter-spacing:.1pt">مواد و روش&shy;ها:</span></span></span></span></b> <span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">در این پژوهش، با استفاده از نرم‌افزار داکینگ</span></span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt">‌‌</span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""> می</span></span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt">‌‌</span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">توان به مؤلفه</span></span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt">‌‌</span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">های ترمودینامیکی در برهم‌کنش</span></span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt">‌‌</span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">های پروتئین رودوپسین با داروی سیپروفلوکساسین دست یافت. مطالعات داکینگ بهوسیلۀ نرم‌افزار </span></span>AutoDock vol.4.2<span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">&nbsp; انجام گرفت. به‌منظور مشاهدۀ داکینگ انجام‌شده، از نرم‌افزارهای گرافیکی </span></span>Pymol<span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""> و </span></span>Ligplot<span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""> و </span></span>VMD<span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""> استفاده شد.</span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:9.0pt"><span style="font-family:"B Zar""></span></span></span></span></span></span><br> <span style="font-size:8pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="color:black"><span style="letter-spacing:.1pt">یافته &shy;های پژوهش: </span></span></span></span></b><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">بر اساس نتایج به‌دست‌آمده از مطالعات داکینگ، مهم‌ترین پیوند درگیر در اتصال داروی سیپروفلوکساسین با پروتئین رودوپسین، اتصالات هیدروفوب و پیوند هیدروژنی است. برآورد انرژی‌های آزاد گیبس (</span></span>kcal/mol<span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">) برای بهترین مدل داکینگ برابر با 5/6- است. این مدل با پایین‌ترین سطح انرژی اتصال، بیشترین تمایل برای اتصال به آمینواسیدهای رودوپسین دارد و مقادیر منفی </span></span>&Delta;G<span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span cambria="" style="font-family:">&deg;</span></span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">نشان‌دهندۀ یک فرایند خودبه‌خودی است.</span></span><b><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="color:black"><span style="letter-spacing:.1pt"></span></span></span></span></b></span></span></span></span><br> <span style="font-size:8pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""><span style="color:black"><span style="letter-spacing:-.1pt">بحث و نتیجه‌گیری</span></span></span></span></b><span lang="AR-SA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">: </span></span><span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar="">بر اساس نتایج به‌دست‌آمده از داکینگ، جایگاه </span></span>A<span lang="FA" style="font-size:9.0pt"><span b="" style="font-family:" zar=""> پروتئین رودوپسین جایگاه مناسبی برای اتصال سیپروفلوکساسین به این پروتئین است و کمپلکس سیپروفلوکساسین با پروتئین رودوپسین می‌تواند سبب بازسازی رودوپسین شود تا بتواند فرایند دیدن را به‌طور معمول آغاز کند. درواقع، پیوند هیدروژنی قوی میان اتم نیتروژن موجود در ساختار سیپروفلوکساسین با اسیدآمینۀ آرژنین، نقش مهمی در تثبیت و پایدارسازی کمپلکس ایفا می‌نماید.</span></span></span></span></span></span></div> <div style="text-align: justify;"><span style="font-size:9pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span style="color:black"><span style="letter-spacing:-.2pt">Introduction:</span></span></b> Ciprofloxacin antibiotic is used in the treatment of retinal toxicity or retinopathy. The present study aimed to assess the effect of ciprofloxacin on rhodopsin protein structure and the stability or instability of this protein in the presence of this medicine. The type of drug and protein binding is effective in the elimination or interaction of the medicine with the target tissues.</span></span><br> <span style="font-size:9pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span style="color:black"><span style="letter-spacing:-.2pt">Material & Methods: </span></span></b>Thermodynamic components can be obtained in the interactions between rhodopsin protein and ciprofloxacin using docking software. Docking studies were performed by AutoDock 4.2 software. Pymol, Ligplot, and VMD graphic software packeages were used to observe the docking performed.<span style="font-size:12.0pt"><span style="color:#374151"></span></span></span></span><br> <span style="font-size:9pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span style="color:black"><span style="letter-spacing:-.2pt">Findings:</span></span></b> Based on the results obtained from docking studies, the most important bond involved in the binding of ciprofloxacin drug with rhodopsin protein is hydrophobic bonds and hydrogen bonds. The estimate of Gibbs free energies (kcal/mol) for the best docking model is equal to -6.5. This model with the lowest level of binding energy has the greatest tendency to bind to rhodopsin amino acids, and negative values of &Delta;G&deg; are indicative of a spontaneous process.</span></span><br> <span style="font-size:9pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><b><span style="color:black"><span style="letter-spacing:-.2pt">Discussion & Conclusion:</span></span></b> Based on the docking results, the A position of the rhodopsin protein is a suitable place for ciprofloxacin to bind to this protein, and the complex of ciprofloxacin with the rhodopsin protein can cause rhodopsin to regenerate so that it can start the process of seeing normally. In fact, the strong hydrogen bond between the nitrogen atom in the ciprofloxacin structure and the amino acid arginine plays a key role in stabilizing the complex.</span></span></div> رودوپسین, داکینگ, سیپروفلوکساسین, ثابت اتصال, انرژی آزاد اتصال Binding constant, Binding free energy, Ciprofloxacin, Molecular docking, Rhodopsin 79 89 http://sjimu.medilam.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-6588-2&slc_lang=fa&sid=1 Mahdieh Sadeghpour مهدیه صادق پور m.sadeghpour@tiau.ac.ir 9600319475328460047183 9600319475328460047183 Yes Dept of Chemistry, Qazvin Branch, Islamic Azad University, Qazvin, Iran گروه شیمی، واحد قزوین، دانشگاه آزاد اسلامی، قزوین، ایران Monir Shalbafan منیر شالبافان m.shalbafan2012@yahoo.com 9600319475328460047184 9600319475328460047184 No Dept of Chemistry, Imam Khomeini International University, Qazvin, Iran گروه شیمی، دانشگاه بین‌‌المللی امام خمینی، قزوین، ایران Khadijeh Alviri خدیجه علویری elhamalviri@gmail.com 9600319475328460047185 9600319475328460047185 No Dept of Pharmacology, School of Pharmacy, Tehran Medical Sciences, Islamic Azad University, Tehran, Iran گروه فارماکولوژی، دانشکدۀ داروسازی، علوم پزشکی تهران، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران