fa بررسی فراوانی آللی و ژنوتیپی نشانگر rs67992843 واقع در ناحیه ژنی SMPD1 مرتبط با بیماری نیمن پیک در جمعیت اصفهان پژوهشي Research <p dir="RTL"><strong><em><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;">&nbsp;مقدمه:</span></span></em></strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;"> بیماری نیمن پیک</span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">(NPD) </span></span>&nbsp;<span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">Niemann-Pick Disease</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;"> یک بیماری ذخیره &shy;ی لیپیدی با وراثت اتوزومی مغلوب است. این بیماری اساسا به دلیل نقص در ژن </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">SMPD1</span></span></em> <span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">(11p15.4)</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;"> که رمز&shy;کننده &shy;ی آنزیم اسید اسفنگو میلیناز </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">Acid sphingomyelinase (ASM)</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;"> می&shy;باشد، بروز می&shy;یابد. نقص در این آنزیم منجر به تجمع اسفنگو &nbsp;میلین در مغز و کبد می&shy;شود، که نتیجه&shy;ی آن اختلال در عملکرد یا آسیب این دو بافت است. نشانگر های چندشکلی مانند چند شکلی &shy;های تک نوکلئوتیدی</span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">(SNP) </span></span>&nbsp;<span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">&nbsp;Single Nucleotide Polymorphism</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;">در تشخیص مولکولی بیماری&shy; های ژنتیکی از طریق بررسی پیوستگی یا نقشه &shy;یابی همو زیگوسیتی استفاده می &shy;شوند. فراوانی آللی و درجه&shy; ی هترو &nbsp;زیگوسیتی یک نشانگر معمولا وابسته به جمعیت است. هدف از این مطالعه، بررسی فراوانی آللی و درجه &shy;ی هترو زیگوسیتی نشانگر </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">rs67992843</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;"> واقع در ناحیه ژن </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">SMPD1</span></span></em><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;"> در جمعیت ایرانی بود. این نشانگر از نوع </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">SNP</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;"> بوده و دارای دو آلل </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">C/G</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;"> می&shy;باشد.</span></span><br> <strong><em><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;">مواد و روش ها:</span></span></em></strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;"> تعداد 113 فرد سالم غیر خویشاوند برای انجام این مطالعه انتخاب گردیدند شانگر </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">&nbsp;&nbsp;rs67992843</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;">با استفاده از تکنیک </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">ARMS PCR</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;"> و طراحی پرایمر های جدید بر اساس این تکنیک مورد بررسی قرار گرفت. نتایج به دست آمده با استفاده از نرم &shy;افزار تحت وب </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">Genepop</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;"> و نرم&shy;افزار </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">Powermarker</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;"> جهت تعیین فراوانی آللی و هترو زیگوسیتی، وجود تعادل هاردی- واینبرگ و محتوای اطلاعاتی چند شکلی </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">Polymorphic Information Content (PIC)</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;">، تحت آنالیز های آماری قرار گرفتند. </span></span><br> <strong><em><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;">یافته &shy;های پژوهش:</span></span></em></strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;"> آنالیز اطلاعات به دست آمده نشان داد که در جمعیت ایرانی فراوانی آلل مغلوب این نشانگر ( آلل </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">C</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;">) برابر 42/31% می&shy; باشد. هم چنین درجه&shy;ی هترو زیگوسیتی و </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">PIC</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;"> این نشانگر به ترتیب 82/39% و 338/0 محاسبه گردید.</span></span><br> <strong><em><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;">بحث و &nbsp;نتیجه&shy;گیری:</span></span></em></strong><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;"> نتایج این مطالعه نشان داد که می &shy;توان از نشانگر </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">rs67992843</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;"> برای آنالیز پیوستگی و تشخیص مولکولی ژن </span></span><em><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">SMPD1</span></span></em> <span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;">&nbsp;در ارتباط با بیماری </span></span><span dir="LTR"><span style="font-size:9.0pt;">NPD</span></span><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:11.0pt;"> استفاده نمود.</span></span></p> <p dir="RTL"></p> <p style="margin-left:-14.2pt;"><strong><em>Introduction</em></strong><strong>:</strong> Niemann Pick Disease (NPD) is a lipid storage disorder with an autosomal recessive inheritance. The disease occurs mainly due to defects in <em>SMPD1 </em>gene (11p15.4), encoding sphingomyelinase. Disruption of this enzyme leads to the accumulation of sphingomyelin in brain and liver resulting in dysfunction or damage of the brain tissues.<br> &nbsp;<br> Polymorphic markers such as Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) are used in molecular diagnosis of genetic disease through linkage analysis or homozygosity mapping. The allele frequency and degree of heterozygosity of the markers are usually population dependent. The aim of this study was to investigate the allele frequency and degree hetereozygosity of rs67992843 marker located in the <em>SMPD1</em> gene region in the Iranian population.<br> &nbsp;<br> <strong><em>Materials & methods</em></strong>: 113 unrelated individuals were selected for this study. The marker was genotyped using ARMS PCR with newly designed primers. The results were analyzed by Genepop database and Power Marker software to estimate allelic frequency, heterozygosity rate, presence of Hardy Weinberg Equilibrium (HWE) and polymorphism information content (PIC).<br> &nbsp;<br> <strong><em>Findings</em></strong><strong>: </strong>The data showed 31.42% Minor Allele Frequency (MAF), 39.82% heterozygosity rate and PIC 0.338 for rs67992843 marker in the Iranian population.<br> &nbsp;<br> <strong><em>Discussion & conclusions</em></strong><strong>: </strong>The results of this study showed that rs67992843 marker could be suggested for linkage analysis and molecular diagnosis of <em>SMPD1</em> gene in the Iranian population.<br> &nbsp;</p> چند شکلی تک نوکلئوتیدی, بیماری نیمن پیک, ASM, SMPD1 , جمعیت ایرانی Single nucleotide polymorphism, Niemann pick disease, SMPD1, ASM, Iranian population 151 160 http://sjimu.medilam.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-2649-2&slc_lang=fa&sid=1 Nasim Ebrahimi نسیم ابراهیمی nasimeb69@gmail.com 9600319475328460038330 9600319475328460038330 No Dept. of Biology, Faculty of Science, Isfahan University, Isfahan, Iran گروه زیست شناسی، دانشکده علوم ، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران Sadegh Vallian borujeni صادق ولیان بروجنی svallian@sci.ui.ac.ir 9600319475328460038331 9600319475328460038331 Yes Dept. of Biology, Faculty of Science, Isfahan University, Isfahan, Iran گروه زیست شناسی، دانشکده علوم ، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایران