بهمن فاضلی نسب،
دوره ۲۸، شماره ۶ - ( ۱۱-۱۳۹۹ )
چکیده
مقدمه: کروناویروسها جزء ویروسهای پوشش‌‌دار با منشأ جانوری هستند که علاوه بر بیماری تنفسی و گوارشی، در بیماری‌های عصبی نیز دیده شدهاند؛ همچنین برخی از گونه‌های آن سبب نفریت گشته و یا در بیماران مبتلا به ام‌اس و هپاتیت موش نیز دیده شدهاند؛ اما در مجموع، مهم‌ترین تأثیر کروناویروسها بر سیستم تنفسی و گوارشی است. هدف از تحقیق حاضر مقایسۀ ژنوم ویروس SARS-CoV-۲ با سایر ویروسهای خانوادۀ کروناویروس، بررسی احتمال ساختگی بودن آن و درنهایت، ارزیابی تأثیر لینالول و تیمول بر فعالیت نداشتن پروتئین orf۱ab ویروس SARS-CoV-۲ است.
مواد و روش‌‌ها: توالی ژنوم ویروسهای خانوادۀ Coronaviridae از پایگاه NCBI تهیه و پس از هم‌ردیف شدن، تعداد جهش‌‌ها، تنوع نوکلئوتیدی، تعداد جایگاه‌هایی که در آن‌ها جایگزینی مشابه اتفاق افتاده، خوشه‌بندی، تعیین شباهت و فاصلۀ ژنتیکی و شاخص dN/dS ارزیابی شد. ساختار سه‌بعدی پروتئین orf۱ab پیش‌‌بینی و دقت الگوی پیش‌بینی‌شده بررسی گردید. موتیف و دومینهای حفاظتشده برای ژن orf۱ab در همۀ ویروسهای خانوادۀ Coronaviridae و همچنین دومینهای غشایی، سیتوپلاسمی و کینازی در orf۱ab ویروس SARS-CoV-۲ بررسی شد. برای داکینگ مولکولی، از لینالول (مهم‌ترین مادۀ تشنه‌‌داری Scrophularia striata) گیاه مدل یعنی آرابیدوپسیس و تیمول (Thymol) (مهم‌ترین مادۀ زنیان) برای فعالیت نداشتن پروتئین orf۱ab کروناویروس SARS-CoV-۲ استفاده گردید.
یافته‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌‌های پژوهش: ویروس SARS-CoV-۲، ۱۱ دومین حفاظتشده و از سویی، ۱۱ ژن دارد. حضور دومینهای NSP۱۳ super family و SUD-M super family در ژنوم ویروس SARS-CoV-۲، نشان‌دهندۀ توانایی و تلاش این ویروس برای پایداری بیشتر در محیط است. بر اساس مقدار عددی شاخص‌های dN/dS (۰۳۶/۱) و Tajima´s D (۳۹/۴) برای orf۱ab، شیب تغییرات در طول تکامل برای ژن orf۱ab بسیار کند و عدم انتخاب جهت‌دار در تغییرات ویروس‌‌ها است. بر اساس بیشترین اثر متقابل میان پروتئین لینالول و پروتئین orf۱ab (۰/۴۱-) و بیشترین دقت (۱۷۲/۰) و بر اساس کمتـــرین سطــــح انــــرژی (Kcal/mol۲۳/۶-ΔG=) و بهترین ترکیب (Kcal/mol۱۸/۱۳۴۰-Full Fitness=) میان مادۀ فیتوشیمیایی تیمول و پروتئین orf۱ab، نتایج داکینگ مولکولی نشان داد که هم پروتئین لینالول و هم مادۀ تیمول بر پروتئین orf۱ab پیوند گردیده و مانع فعالیت آن خواهند شد.
بحث و نتیجه‌گیری: لینالول و تیمول بر فعالیت نداشتن پروتئین orf۱ab ویروس SARS-CoV-۲ مؤثر بوده‌اند، هرچند برای اثبات این قضایا، باید تست بالینی خاصیت درمانی لینالول و تیمول انجام و در صورت تائید، استفاده از آن پیشنهاد شود. ضمناً با بررسی شاخص dN/dS، شاخص D و ارزیابی سینگلتن‌‌‌‌‌‌ها، دومین‌‌ها و مناطق حفاظت‌‌شدۀ همۀ ویروس‌‌ها مشخص شد که ویروس SARS-CoV-۲ نمی‌تواند ساختگی باشد.
