مقدمه: مهارکننده های انتخابی آنزیم سیکلواکسیژناز دو، نظیر سلوکوکسیب، روفوکوکسیب و والدوکسیب اخیراً به عنوان کاهنده های پاسخ های التهابی به کار می روند، با وجود این هنوز به مطالعات و تحقیقات بیشتری در زمینه مهارکننده های انتخابی Cox۲ نیاز است. این مطالعه در راستای معرفی ساختارهای جدید با میل ترکیبی بیشتر به آنزیم Cox۲ می باشد.
مواد و روش ها: ساختارهای شیمیایی با ۸۰ درصد شباهت به سلوکوکسیب، از Pubchem در پایگاه اطلاعاتی NCBI استخراج و جمع آوری شد. فایل PDB آنزیم Cox۲ (۶COX) را در حالت پیوند با لیگاند SC-۵۵۸ به عنوان لیگاند مرجع، از سایت RCSB PDB به دست آمد. داکینگ لیگاندها به جایگاه اتصال SC-۵۵۸ را با استفاده از نرم افزار FlexX, Lead IT اجرا شد و انرژی میان کنش های بین ترکیبات مختلف به دست آمد. مقدار IC۵۰ ترکیبات مورد نظر با استفاده از روش غربالگری آزمایشگاهی، بر علیه آنزیم Cox۲ تعیین شد. سرانجام با استفاده از روش سنجش MTT، میزان سمیت سلولی ترکیبات مورد نظر تعیین شد.
یافته های پژوهش: نتیجه غربالگری در پایگاه داده Pubchem، ۵۰۰۰ مولکول مشابه سلوکوکسیب بود. ۲۴ تا از ترکیبات امتیازهای انرژی بهتری نسبت به ۶COX باند شده با SC-۵۵۸ داشتند. لیگاندها به پاکت پیوندی داک شدند که با سرین ۳۵۳، آلانین ۵۲۷، والین ۵۲۳، متیونین ۵۲۲، فنیل آلانین ۵۱۸ و لوسین ۳۵۲ میان کنش نشان دادند. با بررسی چشمی، ترکیبات جهتگیری و حالت پیوندی مشابه با SC-۵۵۸ نشان دادند.
بحث و نتیجه گیری: یافته های ما، رویه محاسباتی کشف ترکیبات جدید ضدالتهابی با فعالیت بیشتر و سمیت کمتر نسبت به مهارکننده های عمومی Cox۲ را قوت بخشید.