مجله دانشگاه علوم پزشکی ایلام

[صفحه اصلی ]

[Archive] [ English ]

Journal of Ilam University of Medical Sciences

بخش‌های اصلی

صفحه اصلی

اطلاعات نشریه

آرشیو مجله و مقالات

نمایه ها

Citation Indices from GS

	All	Since 2020
Citations	7186	3710
h-index	29	20
i10-index	205	79

جستجو در پایگاه

دریافت اطلاعات پایگاه

ثبت شده در

جستجو در مقالات منتشر شده

۶ نتیجه برای داکینگ

بررسی کموانفورماتیکی و اندازه گیری فعالیت آزمایشگاهی لیگاندهای ممانعت کننده آنزیم سیکلواکسیژناز دو Cox۲ انسانی

سیده فاطمه موسوی، علی رمضانی، پرویز اشتری، فاطمه کشاورزی،
دوره ۲۳، شماره ۳ - ( ۶-۱۳۹۴ )

چکیده

مقدمه: مهار‌کننده‌ های انتخابی آنزیم سیکلو‌اکسیژناز دو، نظیر سلوکو‌کسیب، روفوکوکسیب و والدوکسیب اخیراً به عنوان کاهنده‌ های پاسخ‌ های التهابی به کار می ‌روند، با وجود این هنوز به مطالعات و تحقیقات بیشتری در زمینه مهار‌کننده‌ های انتخابی Cox۲ نیاز است. این مطالعه در راستای معرفی ساختار‌های جدید با میل تر‌کیبی بیشتر به آنزیم Cox۲ می ‌‌‌باشد.
مواد و روش ها: سا‌ختار‌های شیمیا‌یی با ۸۰ درصد شباهت به سلو‌کو‌کسیب، از Pubchem در پایگاه اطلاعا‌تی NCBI استخراج و جمع ‌‌آوری شد. فایل PDB آنزیم Cox۲ (۶COX) را د‌ر حا‌لت پیوند با لیگا‌ند SC-۵۵۸ به عنوان لیگاند مرجع، از سایت RCSB PDB به دست آمد. د‌اکینگ لیگا‌ند‌ها به جایگاه اتصال SC-۵۵۸ را با استفاد‌ه از نرم افزار FlexX, Lead IT اجرا شد و انرژی میان کنش‌ های بین ترکیبات مختلف به دست آمد. مقدار IC۵۰ ترکیبات مورد نظر با استفاده از روش غربالگری آزمایشگاهی، بر علیه آنزیم Cox۲ تعیین شد. سرانجام با استفاده از روش سنجش MTT‌، میزان سمیت سلولی ترکیبات مورد نظر تعیین شد.
یافته های پژوهش: نتیجه غربالگری در پایگاه داده Pubchem، ۵۰۰۰ مولکول مشابه سلوکوکسیب بود. ۲۴ تا از ترکیبات امتیاز‌های انرژی بهتری نسبت به ۶COX باند شده با SC-۵۵۸ داشتند. لیگاند‌ها به پاکت پیو‌ند‌ی داک شد‌‌ند که با سرین ۳۵۳، آلانین ۵۲۷، وا‌لین ۵۲۳، متیونین ۵۲۲، فنیل آلانین ۵۱۸ و لوسین ۳۵۲ میان کنش نشان د‌اد‌ند. با بررسی چشمی، ترکیبات جهتگیری و حالت پیوندی مشابه با SC-۵۵۸ نشان داد‌‌ند.
بحث و نتیجه گیری: یافته ‌های ما، رویه محاسباتی کشف ترکیبات جدید ضدالتهابی با فعالیت بیشتر و سمیت کمتر نسبت به مهارکننده‌ های عمومی Cox۲ را قوت بخشید.

طراحی مهارکننده دارویی آنزیم سیکلو اکسیژناز ۲ جهت کاهش التهاب و درد

پویان اسدی، الهه علی ویسی، نازنین نوراللهی مقدم،
دوره ۲۴، شماره ۶ - ( ۱۱-۱۳۹۵ )

چکیده

مقدمه: در مطالعه پیش رو، به منظور کاهش عوارض جانبی داروهای ضد التهابی و افزایش اختصاصیت آن ها، از طریق زیست شناسی محاسباتی و دانش بیوانفورماتیک، مهارکننده دارویی جدیدی طراحی شد.

مواد و روش ها: به این منظور ابتدا ۱۵۰۰۰۰ ترکیب با خاصیت دارویی از پایگاه داده ZINC و هم چنین فایل مربوط به ساختار آنزیم سیکلواکسیژناز ۲، از پایگاه داده(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics) RCSB استخراج شدند. پس از آماده سازی آن ها، تمام این ترکیبات شیمیایی با آنزیم مورد نظر به منظور انتخاب بهترین مهارکننده دارویی(لیگاند)، داک شدند.

یافته های پژوهش: پس از بررسی محاسبات،۱۰ ترکیب از لیگاندهایی که حاصل عمل داکینگ بودند، بر اساس انرژی آزاد گیبس(کمترینΔG ) انتخاب شدند. بر اساس نتایج به دست آمده از عمل داکینگ، اتصال مهارکننده به آنزیم سیکلواکسیژناز ۲، موجب تغییر کنفورماسیونی آنزیم، کاهش انرژی پتانسیل و افزایش پایداری کمپلکس مهارکننده-آنزیم شد.

بحث و نتیجه گیری: با توجه به نتایج به دست آمده در این تحقیق، ترکیبات می توانند با قرارگیری در جایگاه فعال آنزیم، التهاب و درد را در بیماری های مختلف التهابی، بر اساس اختصاصیت بیشتر و در نهایت توکسیسیتی کمتر، کاهش دهند.

مطالعه داکینگ مولکولی و ارزیابی خطر سمیت تعدادی از مشتقات جدید اکسیم اترهای بنزایمیدازول به عنوان مهارکننده های آنزیم سیتوکروم ۵۱

ابوذر رویین تن، فاطمه فدایی نوبندگانی،
دوره ۲۶، شماره ۶ - ( ۱۰-۱۳۹۷ )

چکیده

مقدمه: آزول ها گروهی از ترکیبات ضد قارچ هستند که به دلیل پایین بودن سمیت، اثر بخشی بالاتر، دارای طیف گستـــرده ای از فـــعالیت می باشند. ارگسترول جزء اصلی غشای سلول قارچی است. مهار آنزیم لانسترول ۱۴ آلفا دمتیلاز باعث کاهش سنتز ارگسترول می شود. ارگسترول نقشی مانند هورمون در سلول های قارچ بازی می کند که رشد قارچ را تحریک می نماید. کار موثر آزول ها مهار رشد قارچ می باشد. در این مقاله مطالعات داکینگ روی تعدادی از مشتقات آزول با اثر مهارکنندگی آنزیم لانسترول ۱۴ آلفا دمتیلاز انجام و سپس خطر سمیت آن ها ارزیابی شد.
مواد و روش ها: این پژوهش به شیوه توصیفی-تحلیلی انجام شد. برای بررسی نحوه اتصال مشتقات اکسیم اتر بنزایمیدازول به جایگاه فعال آنزیم، در ابتدا ساختار شیمیایی ترکیبات با استفاده از نرم افزار ChemBioDraw Ultra نسخه ۱۴ ترسیم شد. سپس به منظور بهینه سازی انرژی، به نرم افزار Hyperchem انتقال یافت. مطالعات داکینگ به وسیله نرم افزار Auto Dock-Vina-۱-۱-۲-win۳۲.msi انجام شد و نتایج با استفاده از نرم افزار مولگرو مورد آنالیز قرار گرفت. در مرحه نهایی ارزیابی خطر سمیت ترکیبات به وسیله برنامه OSIRIS انجام گردید.
یافته های پژوهش: بر اساس نتایج به دست آمده از مطالعات داکینگ مهم ترین پیوندهای درگیر در اتصال دارو با گیرنده، کوئوردیناسیون حلقه آزول با پروتئین هم، پیوند هیدروژنی و اتصالات هیدروفوبیک می باشند. در میان تمام ترکیبات مورد مطالعه، بهترین نتایج داکینگ مربوط به ترکیب شماره ۱ (ترکیب حاوی هتروسیکل ایمیدازول) است. در حقیقت این ترکیب با منفی ترین سطح انرژی اتصال(۱۷/۹- کیلوکالری بر مول) تمایل بیشتری برای اتصال به آمینو اسیدهای کلیدی جایگاه فعال آنزیم ۵۱CYP دارد.
بحث و نتیجه گیری: در پایان با توجه به نتایج به دست آمده از مطالعات داکینگ و ارزیابی خطر سمیت، می توان نتیجه گرفت که ترکیب شماره ۱ (ترکیب حاوی هتروسیکل ایمیدازول) در مقایسه با ترکیب مرجع فلوکونازول می تواند به عنوان مهارکننده موثرتر آنزیم ۵۱CYP مطرح شود.

آنالیز بیوانفورماتیکی تأثیر Linalool تشنه‌داری(Scrophularia striata) بر پروتئین VacA هلیکوباکتر پیلوری

بهمن فاضلی نسب،
دوره ۲۹، شماره ۱ - ( ۱-۱۴۰۰ )

چکیده

مقدمه: برخی گیاهان ازجمله تشنهداری، به‌طور سنتی در میان مردم زاگرس‌نشین، به‌عنوان التیام‌بخش عفونت و زخم استفاده میشده است. در تحقیقات پیشین، اثر التیام‌بخشی عصارۀ آبی و هیدروالکلی آن بر استرس اکسیداتیو و درمان زخم معدۀ ناشی از اتانول در موش صحرایی تائید شده است. بر اساس این، هدف از تحقیق حاضر، آنالیز بیوانفورماتیکی تأثیر Linalool (یکی از بیشترین اجزای تشنهداری) بر مهار پروتئین VacA هلیکوباکتر پیلوری است.
مواد و روش‌ها: توالیهای DNA و پروتئینی Linalool گیاه آرابیدوپسیس و توالی ژن VacA هلیکوباکتر پیلوری از سراچۀ NCBI تهیه شد. میزان هم‌ردیفی توالی‌های DNA و پروتئینی Linalool و VacA توسط نرم‌افزار Clustalw vol,۲ بررسی و موتیفهای حفاظت‌شده با استفاده از برنامه MEME جستجو گردید. درخت فیلوژنی به‌وسیلۀ نرمافزار MEGA vol,۵ ترسیم شد. برای تعیین ساختار سوم و همچنین داکینگ مولکولی بر اساس همولوژی، توسط نرم‌افزار Swiss-Model و ESYPred۳D و همچنین Galaxy Web صورت گرفت.
یافته‌های پژوهش: پروتئین‌های لینالول گزارش‌شده در سراچۀ NCBI، در بیشتر گیاهان، سه موتیف حفاظت‌شده (در محدودۀ ۱۰۰ تا ۳۰۰ اسید آمینه) دارد. پروتئین VacA هر سه نوع دومین سیتوپلاسمی، غشایی و کینازی را داراست. بهترین الگوی داکینگ مولکولی بر اساس بیشترین اثر متقابل میان پروتئین لینالول و پروتئین VacA (۰/۲۱) و بیشترین دقت (۱۳۳/۰) انتخاب شد. نتایج نشان داد که در ساختار هر دو پروتئین لینالول و VacA، گروه‌های گوناگونی ازجمله گروه‌های آلیفاتیک (چربی)، قطبی و آب‌دوست داشت. حضور چربی و آب‌دوست بودن در پروتئین VacA، به آن این قابلیت را می‌دهد که بتواند در صورت تجزیه نشدن، توسط سلولی‌های لنفوسیت، به‌راحتی از غشای سلول‌ها عبور کند و سبب بیماری‌زایی شود. از سویی، حضور همین گروه‌ها در لینالول نیز عاملی است که توانسته است پروتئین VacA را مهار کند.
بحث و نتیجه‌گیری: آنالیز بیوانفورماتیکی نشان داد که لینالول سبب از میان بردن آثار هلیکوباکتر پیلوری میشود؛ همچنین نتایج پژوهش حاضر می‌تواند به‌عنوان پایه‌ای برای تحقیقات آینده، برای ارزیابی تأثیر تکتک مواد مؤثر تشنهداری به‌ویژه لینالول، بر باکتری هلیکوباکتر پیلوری استفاده شوند.

مطالعه برهم کنش پروتئین سرم آلبومین انسانی با داروی ضدسرطان فلورواوراسیل با استفاده از روش محاسباتی داکینگ مولکولی

محمد مطهری نیا، مهدیه صادق پور، منیر شالبافان،
دوره ۳۰، شماره ۲ - ( ۳-۱۴۰۱ )

چکیده

مقدمه: داروها عمدتاً توسط پروتئینهای پلاسما ازجمله آلبومین سرم انسانی در بدن انسان به بافتهای هدف منتقل میشوند. با استفاده از روشهای شبیهسازی مانند داکینگ مولکولی میتوان اطلاعات کاربردی درباره مؤلفههای ترمودینامیکی داروها و پایداری آنها بهدست آورد.
مواد و روش ها: در این پژوهش، بررسیهای داکینگ مولکولی آلبومین سرم انسانی با داروی ضدسرطان فلورواوراسیل انجام شد. بار جزئی روی اتمهای پروتئین آلبومین سرم و اتمهای داروی فلورواوراسیل محاسبه گردید. جستجوی بهترین پیکربندی نیز با استفاده از Lamarckian genetic algorithm صورت پذیرفت. ابعاد grid maps در حدود ۴۰*۴۰*۴۰ انگستروم با فاصله ۳۷۵/۰ انگستروم انتخاب شد. تعداد genetic algorithm و تعداد بررسیها به ترتیب در حدود ۱۰۰ و ۵/۲ میلیون تنطیم گردید. در پایان بهترین پیکربندی برهمکنش انجامشده با کمترین مقدار انرژی آزاد انتخاب شد. بهمنظور مشاهده داکینگ انجامشده از نرمافزارهای گرافیکی Ligplot و VMD استفاده گردید.
یافته‌ها: در بهترین نمونه، فلورواوراسیل قادر است با پروتئین آلبومین سرم انسانی HSA چهار پیوند‌ هیدروژنی از طریق اتمهای نیتروژن و اکسیژن با دو آمینواسید تیروزین، یک آمینواسید هیستیدین و یک آمینواسید آرژنین ارتباط برقرار میکند. برآورد انرژی‌های آزاد اتصال (kcal/ mol) برای بهترین نمونه برابر با ۱/۵- است. مقادیر منفی انرژی آزاد گیبس (ΔG°) نشان دهنده یک فرایند خودبهخودی است و مقدار ثابت اتصال (Ka ≈ ۱۰۹ L • mol-۱) بیانگر توزیع زیستی مطلوب دارو با پلاسمای خون است.
بحث و نتیجه‌گیری: بررسی داکینگ مدلهای پیشنهادی نشان میدهد که فلورواوراسیل دارای حلقهای آلیفاتیک است و دارای بخشهای هیدروفوب است و به همین علت، توانایی بالایی در تشکیل برهمکنشهای هیدروفوب با آمینواسیدهای اصلی در جایگاه فعال پروتئین سرم آلبومین دارد.

بررسی تأثیر داروی سیپروفلوکساسین بر ساختار پروتئین رودوپسین با استفاده از روش محاسباتی داکینگ مولکولی

مهدیه صادق پور، منیر شالبافان، خدیجه علویری،
دوره ۳۱، شماره ۴ - ( ۷-۱۴۰۲ )

چکیده

مقدمه: آنتی‌‌بیوتیک سیپروفلوکساسین در درمان سمیت شبکیۀ چشم یا رتینوپاتی استفاده می‌‌شود. در این مقاله، تأثیر داروی سیپروفلوکساسین بر ساختار پروتئین رودوپسین و پایداری و یا ناپایداری این پروتئین در حضور دارو بررسی می‌گردد. نوع پیوند دارو و پروتئین روی دفع و یا برهم‌کنش دارو با بافت‌‌های هدف مؤثر است.
مواد و روشها: در این پژوهش، با استفاده از نرم‌افزار داکینگ‌‌ می‌‌توان به مؤلفه‌‌های ترمودینامیکی در برهم‌کنش‌‌های پروتئین رودوپسین با داروی سیپروفلوکساسین دست یافت. مطالعات داکینگ بهوسیلۀ نرم‌افزار AutoDock vol,۴.۲ انجام گرفت. به‌منظور مشاهدۀ داکینگ انجام‌شده، از نرم‌افزارهای گرافیکی Pymol و Ligplot و VMD استفاده شد.
یافته های پژوهش: بر اساس نتایج به‌دست‌آمده از مطالعات داکینگ، مهم‌ترین پیوند درگیر در اتصال داروی سیپروفلوکساسین با پروتئین رودوپسین، اتصالات هیدروفوب و پیوند هیدروژنی است. برآورد انرژی‌های آزاد گیبس (kcal/mol) برای بهترین مدل داکینگ برابر با ۵/۶- است. این مدل با پایین‌ترین سطح انرژی اتصال، بیشترین تمایل برای اتصال به آمینواسیدهای رودوپسین دارد و مقادیر منفی ΔG°نشان‌دهندۀ یک فرایند خودبه‌خودی است.
بحث و نتیجه‌گیری: بر اساس نتایج به‌دست‌آمده از داکینگ، جایگاه A پروتئین رودوپسین جایگاه مناسبی برای اتصال سیپروفلوکساسین به این پروتئین است و کمپلکس سیپروفلوکساسین با پروتئین رودوپسین می‌تواند سبب بازسازی رودوپسین شود تا بتواند فرایند دیدن را به‌طور معمول آغاز کند. درواقع، پیوند هیدروژنی قوی میان اتم نیتروژن موجود در ساختار سیپروفلوکساسین با اسیدآمینۀ آرژنین، نقش مهمی در تثبیت و پایدارسازی کمپلکس ایفا می‌نماید.

صفحه 1 از 1

Persian site map - English site map - Created in 0.22 seconds with 34 queries by YEKTAWEB 4701