|
به کارگیری آمار غیر خطی (آنالیز مولفه اصلی ) در آنالیز داده های تمایز سلول بنیادی به آستروسیت
|
حکیمه زالی   ، مصطفی رضایی طاویرانی* 1، علی صید خانی نهال ، شیما مرادی |
| 1- ، rezaei.tavirani@ibb.ut.ac.ir |
|
|
چکیده: (16406 مشاهده) |
| سابقه و هدف : ترکیب آمار تک متغیره و چند متغیره می تواند به شناسایی تغییرات بیولوژیکی واقعی معنی دار در بیان پروتئین ها بین گروههای آزمایشی مختلف کمک نماید. یکی از معمولی ترین روش های آماری که کمک بسیاری به آنالیز ژل های الکتروفورز دو بعدی می کند آنالیز مولفه اصلی((PCA)Principal components analysis) است. در این مطالعه فرآیند تمایز سلول های بنیادی به آستروسیت ها مورد بررسی پروتئومیکی قرار گرفت و پروتئوم دو نوع سلول توسط نرم افزار آماری مورد آنالیز مولفه اصلی قرار گرفت .
مواد و روشها : آسپیره مغز استخوان از دهنده سالم ، تهیه شد و جداسازی مونونوکلوئر سل انجام شد . سلول ها در 10 درصد DMEM با گلوکز پایین ، گلوتامین ، استرپتومایسین و پنی سیلین در شرایط CO2 5 درصد و رطوبت 98 درصد در دمای 37ºc انکوبه شدند. برای تمایز این سلول های بنیادی به سلول های آستروسیتی ، سلول ها در مجاورت رتینوئیک اسید ، cAMP ، PGF ،PDGF ،NGF قرار گرفت. از دو رده سلولی سلول های بنیادی وسلول های آستروسیت پروتئین استخراج شد و جداسازی پروتئین ها با الکتروفورز دو بعدی صورت گرفت . به روش رنگ آمیزی نیترات نقره ژل ها رنگ شدند و ژل های اسکن شده با روش های بیو انفورماتیکی و نرم افزار های آماری مورد آنالیز بیوانفورماتیکی و آماری قرار گرفت.
یافته : آنالیز بیوانفورتیکی و آماری ژل های بدست آمده از تکنیک الکتروفورز دو بعدی 774 نقطه پروتئینی در دو گروه مشاهده شد که مقایسه بین گروه ها حکایت از بیان پروتئینهای جدید و خاموشی برخی از پروتئین ها در مسیر های سیگنالینگ تمایز سلولی است . آنالیز خوشه بندی پروتئین ها را از نظر بیان به 3 خوشه اصلی تقسیم نمود که بیانگر وجود پروتئین هایی با بیان مشابه در هر خوشه است که این پروتئین ها می توانند عملکرد مشابهی را در شرایط آزمایش ارائه نمایند یا بیانگر حضور همه آن ها در مسیر بیولوژیکی مشترکی است . آنالیز PCA نتایج حاصل از خوشه بندی را تایید نمود و نشان داد که داده پروتئینی بر طبق شرایط آزمایش خوشه‌بندی شده است. در نهایت می توان نتیجه گرفت که تمایز باعث تغییر بیان معنی داری در سطح پروتئوم می شود که این تغییرات را می توان با آنالیزهای آماری خوشه بندی و PCA به خوبی مورد بررسی قرار دادو شاخص های تغییرات را مشخص نمود. |
|
| واژه‌های کلیدی: پروتئومیک، آنالیز اجزا اصلی، آستروسیت |
|
|
متن کامل [PDF 445 kb]
(4955 دریافت)
|
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
میکروب شناسی پزشکی
دریافت: 1391/12/28 | پذیرش: 1392/2/23 | انتشار: 1392/2/23
|
|
|
|
|
|
|
| ارسال پیام به نویسنده مسئول |
|
|
|
| ارسال نظر درباره این مقاله |
|
|
|
