[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: درباره نشريه :: صفحه اصلي :: آخرين شماره :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
:: دوره 29، شماره 1 - ( 1-1400 ) ::
جلد 29 شماره 1 صفحات 49-39 برگشت به فهرست نسخه ها
بررسی پلی‌مورفیسم ژنومی تریکوفیتون روبروم (Trichophyton rubrum) جداشده از منابع بالینی کراتینیزه با روش RAPD_PCR
کیومرث امینی1 ، شیما چهرئئ* 2، پریسا مالک ابادی3
1- گروه میکروبیولوژی، دانشکده علوم پایه، واحد ساوه، دانشگاه آزاد اسلامی، ساوه، ایران
2- گروه بیولوژی، دانشکده علوم پایه، واحد اراک، دانشگاه آزاد اسلامی، اراک، ایران ، Sh-chehreii@yahoo.com
3- گروه بیولوژی، دانشکده علوم پایه، واحد اراک، دانشگاه آزاد اسلامی، اراک، ایران
چکیده:   (1167 مشاهده)
مقدمه: درماتوفیتوزیس عارضۀ قارچی بافت‌های کراتینیزه پوست، مو و ناخن است که درنتیجۀ استقرار درماتوفیت در نسوج روی می‌‌دهد. اقدام به تایپینگ و افتراق زیرگونه‌‌ها و مطالعۀ ارتباط احتمالی گونه‌های خاص با اشکال بالینی جدایه‌ تریکوفیتون، با استفاده از روش RAPD-PCR، با کمک پرایمرهای تصادفی است که ابزار سودمندی برای تیپبندی و تمایز گونه‌های قارچی به‌شمار می‌رود. هدف از این پژوهش، بررسی پلی‌مورفیسم ژنومی تریکوفیتون روبروم جداشده از منابع کراتینیزه با روش RAPD_PCR است.
مواد و روش‌ها: در این مطالعه، 60 نمونه درماتوفیتوزیس از بیماران پوستی در سنین 12 تا 45 سال، از بیمارستان خاتم‌الانبیا استان تهران و بیمارستان قدس استان مرکزی جداسازی شدند. نمونه‌ها در محیط سابورو دکستروز آگار یا محیط میکروبیوتیک آگار تلقیح گردیدند. درمجموع، 30 نمونه مثبت (+) بهدست آمد. برای استخراج DNA تریکوفیتون روبروم، از کیت اختصاصی استفاده شد. آزمون PCR با استفاده از پرایمرهای اختصاصی صورت گرفت و از روش RAPD_ PCRبرای بررسی ژنومی آن‌ها استفاده گردید. بررسی پلی‌مورفیسم ژنوم، شاخص ژنتیکی ارزشمندی در ارزیابی ساختار ژنوم تریکوفیتون روبروم است.
یافته‌های پژوهش: از غربالگری نمونه‌های بالینی آزمایشگاه که بر اساس ویژگی‌های مورفولوژیک، میکروسکوپی و تست‌‌‌‌های بیوشیمیایی تعیین هویت شدند، درمجموع 30 جدایه تریکوفیتون روبروم جدا گردید. این سویه‌‌ها در 9 گروه مجزا دسته‌بندی شد که هرکدام از سویه‌ها صفات فنوتیپی و ژنوتیپی مشترک دارند. در میان کلاسترهای مشخص‌شده، بیشترین فراوانی مربوط به کلاستر 9 است که 12 ایزوله با ویژگی‌های خویشاوندی مشترک را در برمی‌گیرد.
 بحث و نتیجه‌گیری: بررسی پلی‌مورفیسم ژنومی تریکوفیتون روبروم جداشده از نمونه‌های درماتوفیتی افراد مبتلا به درماتوفیتوزیس در منطقۀ جغرافیایی تهران، با تکنیک RAPD_ PCR ، به‌وسیلۀ پرایمر اختصاصی پرداخته شد که در این مطالعه، بعد مسافت و متغیر گروه سنی تأثیر بسزایی داشتند. تنوع ژنتیکی می‌‌تواند در انتقال و بیماری‌زایی تریکوفیتون روبروم نقش ویژه‌ای داشته باشد.
واژه‌های کلیدی: تریکوفیتون روبروم، درماتوفیتوزیس، پلی‌مورفیسم ژنومی، RAPD_ PCR
متن کامل [PDF 1055 kb]   (457 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: قارچ شناسي
دریافت: 1398/12/14 | پذیرش: 1399/10/17 | انتشار: 1400/1/10
فهرست منابع
1. Komoto TT, Bitencourt TA, Silva G, Beleboni RO, Marins M, Fachin AL. Gene expression response of Trichophyton rubrum during coculture on keratinocytes exposed to antifungal agents. J Evid Based Comple Alt Med2015;2015. doi.10.1155/2015/180535
2. Nakaune R, Hamamoto H, Imada J, Akutsu K, Hibi T. A novel ABC transporter gene and PMR5 is involved in multidrug resistance in the phytopathogenic fungus Penicillium digitatum. Mol Genet Genom 2002;267:179-85. doi.10.1007/s00438-002-0649-6
3. Mugge C, Haustein UF, Nenoff P. Causative agents of onychomycosis a retrospective study. J Dtsch Dermatol Ges 2006;4:218-28. doi.10.1111/j.1610-0387.2006.05877.x
4. Walker JE, Saraste M, Runswick MJ, Gay NJ. Distantly related sequences in the alpha and beta subunits of ATP synthase myosin and kinases and other ATP requiring enzymes and a common nucleotide binding fold. EMBO J 1982;1:945-51. doi.10.1002/j.1460-2075.1982.tb01276.x
5. Pouillot R, Gerbier G, Gardner IA. TAGS a program for the evaluation of test accuracy in the absence of a gold standard. Prev Vet Med 2002;53:67-81. doi.10.1016/S0167-5877(01)00272-0
6. Cordeiro R, Evangelista AJ, Serpa R, Marques FJ, Melo CVS, Oliveira JS, et al. Inhibition of heat shock protein 90 enhances the susceptibility to antifungals and reduces the virulence of Cryptococcus neoformans Cryptococcus gattii species complex. Microbiology 2016;162:309-17 doi.10.1099/mic.0.000222.
7. Liu ZL. Molecular mechanisms of yeast tolerance and in situ detoxification of lignocellulose hydrolysates. Appl Microbiol Biotechnol 2011;90:809-25. doi.10.1007/s00253-011-3167-9
8. White TJ, Bruns T, Lee S, Taylor J. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. PCR Prot Guide Meth Appl 1990;18:315-22.doi.10.1016/b978-0-12-372180-8.50042-1.
9. Landis JR, Koch GG. The measurement of observer agreement for categorical data. Biometrics 1977:159-74.doi.10.2307/2529310.
10. Mahon CR, Lehman DC, Manuselis G. Textbook of diagnostic microbiology. 1 th ed. Elsevier Health Sci Publication. 2018;P. 425-89.
11. Paiao FG, Segato F, Cursino JR, Peres NT, Martinezrossi NM. Analysis of Trichophyton rubrum gene expression in response to cytotoxic drugs. FEMS Microbiol let 2007;271:180-6. doi.10.1111/j.1574-6968.2007.00710.x
12. Kondori N, Tehrani PA, Strombeck L, Faergemann J. Comparison of dermatophyte PCR kit with conventional methods for detection of dermatophytes in skin specimens. Mycopathology 2013;176:237-41. doi.10.1007/s11046-013-9691-7
13. Weinstein S, Obuchowski NA, Lieber ML. Clinical evaluation of diagnostic tests. AJR Am J Roentgenol2005;184:14-9.doi.10.2214/ajr.184.1.01840014.
14. Mehlig L, Garve C, Ritschel A, Zeiler A, Brabetz W, Weber C, et al. Clinical evaluation of a novel commercial multiplex based PCR diagnostic test for differential diagnosis of dermatomycoses. Mycoses2014;57:27-34. doi.10.1111/myc.12097
15. Zhang W, Yu L, Yang J, Wang L, Peng J, Jin Q. Transcriptional profiles of response to terbinafine in Trichophyton rubrum. Appl Microbiol Biotechnol2009;82:1123-30. doi.10.1007/s00253-009-1908-9
16. Leng W, Liu T, Wang J, Li R, Jin Q. Expression dynamics of secreted protease genes in Trichophyton rubrum induced by key hosts proteinaceous components. Sabouraudia 2009;47:759-65. doi.10.3109/13693780802524522
17. Makimura K, Tamura Y, Mochizuki T, Hasegawa A, Tajiri Y, Hanazawa R, et al. Phylogenetic classification and species identification of dermatophyte strains based on DNA sequences of nuclear ribosomal internal transcribed spacer 1 regions. J Clin Microbiol 1999;37:920-4. doi.10.1128/JCM.37.4.920-924.1999
18. Weinberg JM, Koestenblatt EK, Tutrone WD, Tishler HR, Najarian L. Comparison of diagnostic methods in the evaluation of onychomycosis. J Am Acad Dermatol2003;49:193-7. doi.10.1067/S0190-9622(03)01480-4
19. Alshawa K, Beretti JL, Lacroix C, Feuilhade M, Dauphin B, Quesne G, et al. Successful identification of clinical dermatophyte and Neoscytalidium species by matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry. J Clin Microbiol 2012;50:2277-81.doi.10.1128/JCM.06634-11.
20. Pande S, Siddique K, Kishore G, Bayaa B, Gaur P, Gowda C, et al. Ascochyta blight of chickpea Cicer arietinum L. a review of biology, pathogenicity and disease management. Aus J Agr Res2005;56:317-32.doi.10.1071/AR04143
21. Shaf F, Abdolreza B, Mahrokhfar. Determination of genetic diversity of fungi causing Chickpea Iran using RAPD molecular markers. J Plant Pathol 2011;89:128-95. doi.10.1007/s11557-010-0689-y
22. Hryncewicz A, Jagielski T, Kalinowska K, Baczynska D, Plomer E, Bielecki J. Stability of tandemly repetitive subelement PCR patterns in Trichophyton rubrum over serial passaging and with respect to drug pressure. Mycopathologia 2012;174:383-8.doi.10.1128/JCM.06634-11.
23. Hryncewicz G, Lamber M. Intercultural difference in the formation of spaces of the courtroom. Adv Soc Organ Fac 2012;2:52-61.
24. Alipour M, Mozafari N. Terbinafine susceptibility and genotypic heterogeneity in clinical isolates of Trichophyton mentagrophytes by random amplified polymorphic DNA. J Mycol Med2015;25:1-9. doi.10.1016/j.mycmed.2014.09.001.
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA

Ethics code: IRCt97001253698



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

amini K, chehreii S, malekabadi P. Genomic Polymorphism of Trichophyton Rubrum Isolated from Keratinized Clinical Sources using the RAPD-PCR Method. Journal of Ilam University of Medical Sciences 2021; 29 (1) :39-49
URL: http://sjimu.medilam.ac.ir/article-1-6392-fa.html

امینی کیومرث، چهرئئ شیما، مالک ابادی پریسا. بررسی پلی‌مورفیسم ژنومی تریکوفیتون روبروم (Trichophyton rubrum) جداشده از منابع بالینی کراتینیزه با روش RAPD_PCR. مجله دانشگاه علوم پزشکی ایلام 1400; 29 (1) :49-39

URL: http://sjimu.medilam.ac.ir/article-1-6392-fa.html



بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.
دوره 29، شماره 1 - ( 1-1400 ) برگشت به فهرست نسخه ها
مجله دانشگاه علوم پزشکی ایلام Journal of Ilam University of Medical Sciences
Persian site map - English site map - Created in 0.15 seconds with 31 queries by YEKTAWEB 4541