fa فراوانی آللی و ژنوتیپی پلی مورفیسم rs2288258 در ناحیه ژنی HEXA در جمعیت اصفهان پژوهشي Research <p dir="RTL" style="margin-bottom:0in;margin-bottom:.0001pt;text-align:justify;line-height:normal;direction:rtl;unicode-bidi:embed;"><strong><em><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">مقدمه:</span></span></span></em></strong> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">تای ساکس یک بیماری ژنتیکی با توارث اتوزومی مغلوب است که سیستم عصبی مرکزی را درگیر می‌کند.</span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">ابیماری </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">به طور عمده ناشی </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">از جهش در ژن </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">HEXA</span></span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">واقع در کروموزوم </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">۱۵</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> می باشد. تعیین توالی به منظور شناسایی جهش‌ها و تنوعات ژنی موجود در ژن</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">HEXA</span></span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">استفاده میشود که </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">بسیار پرهزینه و وقت‌گیر است. متناوبا&quot;، آنالیز پیوستگی مارکرهای چند شکلی مانند چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی (</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">SNP</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">) </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">می‌تواند راه مناسبی برای تعیین افراد ناقل و همچنین تشخیص پیش از تولد در خانواده</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">های دارای فرزند مبتلا ارائه نماید.</span></span></span></p> <p dir="RTL" style="margin-bottom:0in;margin-bottom:.0001pt;text-align:justify;line-height:normal;direction:rtl;unicode-bidi:embed;"><strong><em><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">مواد و روش ها</span></span></span></em></strong><strong><em><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">:</span></span></span></em></strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> در پایگاه</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">های داده موجود تعداد زیادی از مارکرهای </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">SNP</span></span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">برای ناحیه ژنی </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">HEXA</span></span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">معرفی شده اند. در مطالعه حاضر وضعیت ژنوتیپی و اطلاع دهندگی مارکر </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">rs2288258</span></span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">واقع در ناحیه ژنی</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">HEXA</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> با استفاده از روش</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Tetra-primer ARMS PCR</span></span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">و با طراحی پرایمر های جدید در جمعیت اصفهان </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">بررسی شد</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">. از </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">نرم‌افزار </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">Power Marker</span></span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">برای تخمین فراوانی آللی، فراوانی ژنوتیپی، تعادل هاردی واینبرگ و محتوی اطلاع رسانی چند شکلی </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">PIC </span></span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">(Polymorphism Information Content)</span></span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">استفاده شد.</span></span></span></p> <p dir="RTL" style="margin-bottom:0in;margin-bottom:.0001pt;text-align:right;line-height:normal;direction:rtl;unicode-bidi:embed;"><strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">یافته های پژوهش: </span></span></span></strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">نتایج حاصل بیانگر فراوانی آللی جزئی (</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">MAF</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">) ۱۲</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">/۹</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:arial,sans-serif;"><span style="font-size:12.0pt;">٪</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> و مقدار </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">۱۵۲۰/۰= </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">PIC</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> برا</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">ی </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">مارکر </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">rs2288258</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> در جمعیت اصفهان بود. هم‌چنین بررسی تعادل هاردی- واینبرگ نشان داد که جمعیت مورد نظر برای مارکر مربوطه در تعادل می باشد.</span></span></span></p> <p dir="RTL" style="margin-bottom:0in;margin-bottom:.0001pt;text-align:justify;line-height:normal;direction:rtl;unicode-bidi:embed;"><strong><em><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">بحث و نتیجه گیری:</span></span></span></em></strong><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> نتایج حاصل بیانگر فراوانی آللی جزئی (</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">MAF</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">) </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">۱۲</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">/</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">۹</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:arial,sans-serif;"><span style="font-size:12.0pt;">٪</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> و مقدار </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">۱۵۲۰</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">/</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">۰</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">= </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">PIC</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> برا</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">ی </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">مارکر </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">rs2288258</span></span></span></span> <span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">در جمعیت اصفهان بود. هم‌چنین بررسی تعادل هاردی-واینبرگ نشان داد که جمعیت مورذ نظر برای مارکر مربوطه در تعادل می</span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">‌</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">باشد.</span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> در مجموع مطالعه براساس نتایج این مطالعه، مارکر ژنتیکی </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">rs2288258</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> می‌تواند به عنوان یک مارکر تک نوکلئوتیدی </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">در مطالعات پیوستگی برای </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">شناسایی ناقلین و تشخیص پیش از تولد </span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;">جهش‌های ژن </span></span></span><span dir="LTR"><span style="color:black;"><span style="font-family:times new roman,serif;"><span style="font-size:10.0pt;">HEXA</span></span></span></span><span style="color:black;"><span style="font-family:b mitra;"><span style="font-size:12.0pt;"> در جمعیت اصفهان معرفی شود.</span></span></span></p> <p><em>Introduction</em>: Tay-Sachs is a genetic disorder with autosomal recessive inheritance affecting the central nervous system. The disorder mainly results from mutations in the HEXA gene on chromosome 15. Sequencing is used to detect mutations and sequence variations in the HEXA gene, which is expensive and time consuming. Alternatively, linkage analysis of polymorphic markers such as single nucleotide polymorphism (SNP) could be used in heterozygous carrier detection and prenatal diagnosis of the disease in families with an affected individual.</p> <p></p> <p><em>Materials </em><em><span dir="RTL">&</span></em><em> methods</em>: A large number of SNP markers have been introduced for the HEXA gene in the electronic databases. In the present study the genotype and informative situation of rs2288258 genetic marker in HEXA gene region was investigated using Tetra-primer ARMS PCR technique with newly designed primers in Isfahan population. Estimation of allelic frequency, genotype frequency, presence of Hardy Weinberg Equilibrium (HWE) and the amount of polymorphism information content (PIC) was computed by Power Marker software.</p> <p></p> <p><em>Findings</em>: The results indicated 9.12% minor allele frequency (MAF) and PIC=0.1520 for rs2288258 marker in the Isfahan population. Also, analysis of Hardy-Weinberg Equilibrium showed the presence of equilibrium for this marker in the mentioned population.</p> <p></p> <p><em>Discussion & conclusions</em>: The results indicated 9.12% minor allele frequency (MAF) and PIC=0.1520 for rs2288258 marker in the Isfahan population. Also, analysis of Hardy-Weinberg Equilibrium showed the presence of equilibrium for this marker in the mentioned population. Totally, according to the results of this study rs2288258 genetic marker could be introduced as an SNP marker for linkage analysis in carrier detection and prenatal diagnosis of HEXA mutations in Isfahan population.</p> واژگان کلیدی: HEXA, آنالیز پیوستگی, چند شکلی تک نوکلئوتیدی, جمعیت اصفهان Keywords: HEXA, Linkage analysis, Single nucleotide polymorphism, Isfahan population 54 62 http://sjimu.medilam.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-2649-1&slc_lang=fa&sid=1 Nasrin Vahhab نسرین وهاب nasrin.vahhab@gmail.com 9600319475328460038495 9600319475328460038495 No دانشگاه اصفهان Ali Jazaeri علی جزایری alireza.jazaeri@gmail.com 9600319475328460038496 9600319475328460038496 No دانشگاه اصفهان Sadeq Vallian Borujeni صادق ولیان بروجنی sadeqvallian@gmail.com 9600319475328460038497 9600319475328460038497 Yes isfahan university دانشگاه اصفهان