[صفحه اصلی ]   [Archive] [ English ]  
:: صفحه اصلي :: درباره نشريه :: آخرين شماره :: جستجو :: ثبت نام :: ارسال مقاله :: تماس با ما ::
:: دوره 25، شماره 3 - ( 6-1396 ) ::
جلد 25 شماره 3 صفحات 57-72 برگشت به فهرست نسخه ها
دسته بندی اسید ‌های آمینه‌ی هلیکس ‌های غشایی در پروتئین انتقال ‌دهنده ‌‌ی سروتونین انسانی
علی شریعت پناهی1، محمد تقی زاده 2، بهرام گلیایی3، آرمین مددکار سبحانی4
1- گروه زیست شناسی سلولی و مولکولی، دانشگاه تهران، تهران، ایران
2- مرکز تحقیقات بیوشیمی و بیوفیزیک، دانشگاه تهران، تهران، ایران ، mtaghizadeh@alumni.ut.ac.ir
3- مرکز تحقیقات بیوشیمی و بیوفیزیک، دانشگاه تهران، تهران، ایران
4- دانشگاه تهران
چکیده:   (820 مشاهده)

 مقدمه: پروتئین انتقال دهنده‌‌ ی سروتونین انسانی (5-HTT) اهمیت بالایی در مطالعات طراحی دارو دارد و به تازگی شش ساختار حاصل از کریستالو گرافی از آن در دسترس قرار گرفته است. در این پژوهش با استفاده از دو مورد از این ساختار ها و دو مدل ساخته شده به روش همولوژی، به مطالعه‌‌ی ترکیب اسید های آمینه ‌ی 5-HTT پرداخته شده است تا درک بهتری از نقش ساختاری و عملکردی هلیکس­ های غشایی در انتقال­ دهنده‌ها، و هم چنین مزایا و معایب استفاده از مدل‌­های همولوژی در این مطالعات مشخص شود.
مواد و روش‌‌ها: ابتدا نواحی هلیکس ­های غشایی در 5-HTT به وسیله‌ ی نمودار هیدروپاتی کایت و دولیتل مشخص شد. سپس اسیدهای آمینه‌‌ی هلیکس ‌‌های غشایی با استفاده از روشی نوین بر مبنای موقعیت رزیدو ها نسبت به غشای لیپیدی به 4 دسته (رو به لیپید، رو به لومن، راست و چپ) تقسیم شدند. هم چنین دو مدل سه ­بعدی از 5-HTT نیز با استفاده از نرم­افزار MODELLER و بر اساس الگو هایی با شباهت 38 و 60 درصد ساخته شد.
یافته‌ های پژوهش: با استفاده از روش دسته بندی ابداعی توانستیم نتایج جدید و جالبی در مورد نحوه توزیع رزیدو های مختلف در ساختار انتقال دهنده‌‌ی سروتونین انسانی به دست آوریم. به طور مثال، علی­ رغم آن که اکثر رزیدوهای آب‌ گریز هلیکس­‌ها در دسته‌ی رو به لیپید قرار دارند، درصد قابل توجهی از آن‌ها در دسته‌‌ی رو به لومن حضور دارند. رزیدو های ایزو لوسین، لوسین، والین، ترئونین، آلانین و فنیل­ آلانین به ترتیب بیش ترین فراوانی را در دسته‌‌ی رو به لیپید دارند. بنا بر این الگوهای سه بعدی جایگیری این رزیدو ها، تعیین کننده بیشتر بر هم کنش‌­ های میان لیپید های غشایی و پروتئین و نقش این بر هم کنش ­ها است.
بحث و نتیجه ­گیری: بر اساس ضرایب همبستگی، ترکیب رزیدو های دسته‌­های رو به لیپید و راست پروتئین بیش ‌ترین شباهت را به یکدیگر دارد. این نکته پیشنهاد می‌‌دهد که هلیکس‌ های غشایی احتمالا در تغییر کنفورماسیون ناشی از باز و بسته شدن انتقال دهنده، دستخوش چرخش می‌‌شوند. هم چنین مقایسه‌‌ی ساختارهای حاصل از کریستالو گرافی با مدل­ها نشان می‌دهد استفاده از الگویی با شباهت 38% برای مدل­ سازی همولوژی پروتئین‌­های انتقال دهنده، هلیکس ­های غشایی را به نحو نامناسبی مدل می‌‌کند. این یافته ­‌ها می‌توانند در درک بهتر ساختار و عملکرد هلیکس ‌­های غشایی پروتئین‌های انتقال ­دهنده موثر باشند.

واژه‌های کلیدی: مطالعه در سطح رزیدو، پروتئین انتقال دهنده سروتونین انسانی، مدل ‌سازی همولوژی، پروتئین‌‌های انتقال دهنده، هلیکس‌‌های غشایی
متن کامل [PDF 1396 kb]   (202 دریافت)    
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: بیولوژی
دریافت: ۱۳۹۵/۱۰/۲۶ | پذیرش: ۱۳۹۶/۲/۳۰ | انتشار: ۱۳۹۶/۶/۱۵
ارسال پیام به نویسنده مسئول

ارسال نظر درباره این مقاله
نام کاربری یا پست الکترونیک شما:

CAPTCHA code



XML   English Abstract   Print


Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:

Shariat Panahi A, Taghizadeh M, Goliaei B, Madadkar Sobhani A. Clustering Membrane Helical Residues in the Human Serotonin Transporter. sjimu. 2017; 25 (3) :57-72
URL: http://sjimu.medilam.ac.ir/article-1-4084-fa.html

شریعت پناهی علی، تقی زاده محمد، گلیایی بهرام، مددکار سبحانی آرمین. دسته بندی اسید ‌های آمینه‌ی هلیکس ‌های غشایی در پروتئین انتقال ‌دهنده ‌‌ی سروتونین انسانی. مجله علمی دانشگاه علوم پزشکی ایلام. 1396; 25 (3) :57-72

URL: http://sjimu.medilam.ac.ir/article-1-4084-fa.html



دوره 25، شماره 3 - ( 6-1396 ) برگشت به فهرست نسخه ها
مجله علمی پزوهشی دانشگاه علوم پزشکی ایلام scientific journal of ilam university of medical sciences
Persian site map - English site map - Created in 0.28 seconds with 31 queries by YEKTAWEB 3727